El nombre Tajuña procede sin duda del latín TAGŌNIUS, pero no puede ser desarrollo fonético en lengua castellana de este étimo tal cual.  Esta evolución acusa, muy probablemente, influencia de un superestrato o adstrato mozárabe o árabe, como el nombre del cual deriva, el nombre del río Tajo, que no puede proceder sin más en castellano del lat. TAGUS (como tampoco el portugués Tejo). La denominación de los afluentes de un río con el nombre de ese río con distintos sufijos de valor a menudo diminutivo es muy frecuente (así, valga por caso, Duratón de Duero, Esguevilla de Esgueva, etc.). A lo que parece el latín TAGŌNIUS  fue cambiado en  *TAGŌNIA, del cual podría proceder, con dicha influencia árabe-mozárabe, un nombre del que sería adaptación el castellano Tajuña. A este propósito hay que señalar aquí la existencia del apellido Tagüeña que existió y existe con seguridad, aunque su frecuencia es muy escasa. Este apellido Tagüeña parecería mostrar una evolución castellana del nombre *TAGŌNIA que hemos señalado con anterioridad.