Caro Baroja (1945: 74), cuando examina nuestro topónimo, dice primero que «el nombre de "Marcellus" debía de ser el del primitivo dueño», pero más adelante (p. 142) menciona Marcellianum y Marcellinus –este documentado en Santacara, N– como posibles étimos de Markalain. Mitxelena (AV, 432) ve claro que «en Marquelain está representado Marcellus», como dice inicialmente Caro Baroja cuando habla de Marcalain. Cree el lingüista guipuzcoano (AV, 18) que «la explicación de -ain a partir del genitivo -ani valdría para la Soule, pero no para la Navarra Alta, donde, desde los primeros testimonios, el resultado único de antiguo *-ani es -ai, sin rastro de nasalidad». En su obra maestra (FHV, p. 144) insiste en la misma idea: «Los nombres de poblaciones navarras en -ain no tienen variantes sin -n: su pronunciación antigua debió ser -añ, -eñ, como en suletino, a juzgar por grafías como Assieng, año 1110, Beeriang 1097, Machirreng 1098, cf. Domezain (Soule), en 1193 Domesang, etc. Lo mismo si se parte de latín -anum que del genitivo -ani (Apellidos, número 18), el resultado -ain, -añ sería normal en suletino, pero no en alto-navarro meridional».

En nuestra opinión, es claro que el nombre de base es Marcellus (se documenta en Garisoain, N; en Eslava, N, tenemos Marcella; HE), es decir, habrá que partir de una construcción del tipo *(uīlla) Marcellani o * Marcellani (uīlla) 'la propiedad, la finca de Marcellus’ (compárese con Marcilla, nombre de una localidad de la Ribera de Navarra basado en el mismo antropónimo). Otra posibilidad es pensar que tras el Marcellus de Marañón (N) del s. XI («dompnus Marcellus dominans Maranione», 1063, Goñi, 1997: 44) había una forma *Markelo sin asibilación de la oclusiva velar debida al euskera, a la que se le añadió el sufijo ya autónomo –que no tenía ya relación directa con el étimo latino– -ain (cfr. Otsakain, N, Zuriain, N, con base en Otsoko 'Lopillo', Zuri(a) 'Blanco', etc.). A nuestro parecer, no hay ninguna dificultad para pensar tanto en una posibilidad como en la otra; véase ahora Salaberri y Salaberri (2023: 479-482, 486-487, 501). De todas maneras, está claro que la no asibilación de la velar sorda en contacto con vocal anterior (e) se debe a que el topónimo se ha desarrollado dentro de la lengua vasca.