Las interpretaciones de Aragón a lo largo de la historia son muy numerosas y son también muy diversas las filiaciones lingüísticas propuestas para explicar el hidrónimo (protoeuropea, precéltica, vasca, preindoeuropea, indoeuropea). Tampoco faltan las interpretaciones míticas. De entre todas ellas destaca la que propuso en 1527 Lucio Marineo Sículo, historiador siciliano de la corte del rey Fernando el Católico. En el prólogo a su obra Crónica d'Aragon (De Aragoniae regibus et eorum rebus gestis) dedujo el nombre de las festividades que Hércules acordó realizar después de sojuzgar a cántabros, vascones y celtíberos junto al cauce de un río que nace en los Pirineos y desemboca en el Ebro: "Aquí mismo, después de haber hecho los sacrificios por orden y como debía, celebraron muchos juegos de alegría; señaladamente aquellos juegos que los griegos llaman Aragonales; del nombre de estos juegos llamó a aquel río Aragonio, que primero se llamaba Magrada, y llamó a la provincia Aragonia, que primero Iberia se decía, de suerte que por el altar que en latín se llama ara y por los juegos agones juntando dijeron Aragón" (folio III). En su Recopilación de algunos nombres arábigos que los árabes pusieron a algunas ciudades y otras muchas cosas (1593) el lexicógrafo y arabista Diego de Guadix propuso que el nombre del territorio dio nombre al río, y no al revés, y explicó el nombre de Aragón como una corrupción del nombre Arracun, que en árabe equivale a 'el Tarraco' (2005, 327). Para Canal (1987, 359), es una voz vasca: "Aragus o Aragón es ara-ago, 'cuesta o valle y fuente, o 'fuente del valle".

Además de lo expuesto, en las interpretaciones del hidrónimo Aragón se observan tres líneas de interpretación.

La primera línea reconstruye un étimo *Aracone, a partir del cual y tras la sonorización de la oclusiva velar en posición intervocálica /-k-/ > /-g-/, se obtendría el resultado Aragón. Nieto Ballester subraya, en primer lugar, que "es claramente en origen un hidrónimo, usado en principio para designar las tierras vecinas a este río". Propone partir de un étimo *Aracone y añade que "se trata, con cierta seguridad, de un nombre prerromano, en el cual es fácil descomponer un primer elemento ar-, muy extendido en Europa Occidental para la designación de río o ribera y cuyo sentido primitivo parece haber sido 'agua corriente'"(DicTopEsp, 61, s. v.). Sin embargo, esta hipótesis a partir de un sufijo denominativo -ko- (*Aracone), presenta serios reparos para su aceptación. Por un lado, los resultados que reporta la documentación temprana presentan siempre la oclusiva velar sonora /-g-/ (Aragon, 570; Aragona, 828). Por otro, siendo Aragón "el ámbito conservador por antonomasia de las oclusivas sordas intervocálicas, sea cual sea su procedencia, habría pervivido una variante *Aracón, algo que no se verifica en absoluto" (Saura_2010, 434).

Una segunda línea interpretativa parte de la raíz hidronímica *arg- 'blanco, brillante' (Un_Krahe, 53-54; IEW, s. v. ar(e)ĝ- / arĝ-) con anaptixis (*arag-). Esta hipótesis se basó en la epístola III de san Eulogio de Córdoba al obispo de Pamplona fechada en el año 851, en la que se relata el periplo que este mártir realizó por el nordeste peninsular. En un pasaje de esta obra se cita el "Aragus flumen". En el siglo XVI el humanista e historiador Ambrosio de Morales concluyó que "Aragus flumen, paululum mutato nomine, nunc Arga vocatur" (apud Canal 1987, 357, nota 26). Sin embargo, la interpretación moderna de este pasaje en relación con los datos geográficos que constan en esta obra concluye que el "Aragus flumen" se corresponde con el río Aragón (Canal 1987, 359).

En tercer lugar, para algunos autores como Galmés, los hidrónimos Aragón / Alagón son idénticos, con un cambio esporádico /r/ > /l/ (cf. MĪRACŬLU > milagro; MARMŎRE > mármol), y propone una forma primera *Ar-ac-on, con sonorización de /-k-/ intervocálica (Galmés_2000, 146). Sin embargo, las formas antiguas de Alagón (Alaun, Alavona, Allobone) no avalan esta interpretación, ya que en todas ellas consta la consonante /-l-/ en el radical, lo que permite referirlas a la base hidronímica indoeuropea *al- 'fluir, correr' (Un_Krahe, 35-38).

La base etimológica de Aragón es la raíz hidronímica indoeuropea *ar- 'agua que fluye', 'corriente de agua' (Un_Krahe, 45-47; IEW, s. v.) con un alargamiento morfológico *arab- / *araw- y el sufijo indoeuropeo nasal -ōn (*Arab-ōn / *Arav-ōn). Este patrón flexivo en -ōn es característico de algunas bases primitivas bisilábicas y se detecta especialmente en hidrónimos (Asabón, Jalón) y en topónimos de origen hidronímico (Alagón, Alaón, Alacón) (Saura_2007, 433-435; Cortés_2018, 63-65). Con respecto al alargamiento morfológico de la raíz y en ausencia de formas antiguas, es dable partir tanto de un alargamiento bilabial /b/ (*arab- ) como del wau /w/ (*araw-). En apoyo de la primera hipótesis contamos con hidrónimos cognados, peninsulares y extrapeninsulares, como Arabo (Hispania y Germania), Arab (Galias), Arabis (Drangiana) (Villar_2014, 49-50). Como soporte de la segunda se encuentran, de una parte, las formas antiguas de Alagón, primitivo hidrónimo que las fuentes antiguas testimonian como alaun, Alavona y el gentilicio Allavonensis; y, de otra parte, la existencia de un hidrónimo análogo, el río Aravó, también llamado río Querol, que nace en la Cerdaña gerundense y desemboca en el río Segre, y cuyas primeras menciones documentales reportan formas similares a las propuestas y sin intervención de la equivalencia acústica ("mansum novum de Aravone", 1260; "ripparia Aravonis", 1286; "flumen Aravonis", 1297, apud OnCat I, 216, s. v.).