Se trata de un topónimo de gran interés y complejidad, para cuyo origen se han propuesto distintas alternativas, en general todas poco verosímiles. Para Uruñuela, localidad riojana, se ha propuesto en ATopE, 134 un origen vasco suponiendo que se trataría de un diminutivo romance de vasco iruña, "ciudad". Para el topónimo riojano podría ser más o menos verosímil, aunque no hay ejemplos de nada parecido a esto de añadir un sufijo diminutivo romance a un sustantivo vasco que no ha sido nunca préstamo en romance. Tampoco es iruña la forma normal en vasco para "ciudad". Con todo, la existencia de Urueña en Valladolid, que parece que debe ser relacionado con Uruñuela  debe hacer descartar esta posibilidad.

La documentación antigua, medieval, a nuestra disposición, con todo, analizada de forma apropiada, cabe que nos proporcione el origen del topónimo en un antropónimo femenino, lo que añade aún más interés, pues no son frecuentes los antropónimos femeninos cristalizados como topónimos. Cabe, en efecto, que tengamos que partir de un nombre compuesto de un primer elemento Auro  u Oro, esto es, "oro" y un segundo elemento Doña, Dueña, esto es, "señora", "dueña". Ambos elementos son, claramente, de origen latino y son muy frecuentes en la antroponimia medieval, particularmente el primero como nombre de mujer, a menudo unido, como sucede en este caso, a un segundo nombre. Así pues, cabe que una finca, una propiedad de una señora denominada Orodueña haya sido designada así. La evolución fonética es trivial, pues implica solo la pérdida de /d/ intervocálica y el cierre de /o/ inicial procedente de la monoptongación del diptongo /au/ en /u/ por metafonía. Hallamos ejemplos abundantes de todo ello. Tenemos ejemplos de mujeres denominadas de esta manera y tenemos ejemplos del nombre con pérdida de /d/ intervocálica, con distintas grafías posibles.

Citemos, así, casos como "Ego Aurodonna cogn. Cita", CDSahagún, 1039; Ermesinda Suariz dicta Auruona, TLourenzá,1132,   "Ego Aurodona Tructesindiz una cum uiro meo Petro Pelaiz placitum facimus uobis ...", 1140, CODOLPOR;  "Quod ego Auruona audiens tam benignissime Dominum celi et terre dilexisse hominem ...", 1124, Baio Ferrado, CODOLPOR, etc. Detalles sobre el antropónimo femenino Auro, Oro, muy frecuente en todos los dominios hispánicos en HRN s.v. AURU. Para el caso de su unión con DŎM(Ĭ)NA, s.v. DŎM(Ĭ)NUS. 

Esta hipótesis debe ser considerada provisional, pues necesitaría una explicación añadida para el caso del topónimo riojano, que con una forma de aparente diminutivo debería ser una de estas dos cosas, (1) bien un derivado toponímico interno surgido de una localidad llamada precisamente Urueña, de donde Urueñuela > Uruñuela; en este caso podría tratarse de nuestra población vallisoletana trasladada por motivos que desconocemos a La Rioja; (b) bien una variante del antropónimo con su segundo elemento en diminutivo *DOMNUELA; esta segunda posibilidad parece menos verosímil, al no estar documentado ningún caso de este sufijo diminutivo añadido a esta palabra.