Dada la enorme importancia histórica y cultural del monasterio el topónimo está bien documentado desde muy temprano (siglo X), pero aparece desde los primeros textos a nuestra disposición con una forma latinizada artificial que suele ser Cara digna, Caradigna o incluso Cara maximeque digna. En estas formas latinizadas el segundo elemento es, indudablemente, el latín DĪGNA, mientras que el primero tanto puede ser CARA, "querida", como CARA, "cara". El adverbio maxime, juntamente con la conjunción copulativa -que que se introduce incluso en muchas ocasiones parece apuntar a un entendimiento más bien de la primera interpretación. Es así porque, según nos parece, coordina las dos formas que serían entonces, ambas, adjetivos, significando pues, "querida y dignísima". La forma femenina podría haber sido entendida, en esta interpretación etimologizante errónea, como aplicada a un sustantivo femenino del tipo "congregación", iglesia", etc. En todo caso, ello no tenía, a la postre, mayor importancia, pues probablemente se leía simplemente como se decía, esto es [kardéña] no [karamaximedígna] que habría sido incomprensible por la mayor parte de los posibles oyentes de la lectura de cualquier documento que llevara esta forma. 

Naturalmente, todo esto es artificial en un intento, lógico, de dar mayor "dignidad" (nunca mejor dicho) al topónimo del lugar en donde se edificó el monasterio. Este debió de ser, desde el origen, simplemente Cardeña. Entendemos aquí por tal un fitónimo, derivado del común cardo, palabra existente hoy en día, al menos en algunos dominios dialectales del español de España (la palabra no figura con esta acepción en el DRAE, y el término cardeña que aparece, aunque emparentado, es otro). No es fácil precisar naturalmente de qué fitónimo se trata exactamente, pero dada la afinidad formal y la aparición del topónimo Cardeña  en otros casos y con formaciones colectivo-abundanciales tipo Cardeñal, Cardeñosa, etc. debe de tratarse de la planta llamada también cardincha, un derivado de cardo, pero con otro sufijo. Esta planta es conocida también como cerraja, gardubera entre otros nombres. Es también muy semejante al diente de león o achicoria amarga. Probablemente es  la planta conocida científicamente como Sonchus arvensis o una de esa especie Sonchus.