La primera mención del topónimo consta en un documento fechado en mayo de 1088, por el que el rey Sancho Ramírez concede autorización a Galindo Sánchez, teniente de Sos del Rey Católico, para que convirtiera en castillo una torre ya existente en el lugar para consolidar su labor repobladora y defensiva: "et donamos tibi castello Liscare quod facias eum castellum". Como se deduce de lo anterior, Castiliscar es un topónimo compuesto por dos formantes.

El primer formante es el apelativo latino CASTĔLLU 'castillo' que, en su origen, es un diminutivo de CASTRU. De hecho, en la documentación antigua alterna en ocasiones con este apelativo (Castrum Siscario, Castro Siscar). Este dispositivo defensivo, posiblemente de origen árabe, se construyó para vigilar la frontera entre las posiciones cristianas más avanzadas y el territorio musulmán, y formaba parte de una línea de fortificaciones que se extendía desde Sos hasta Loarre. En torno a este castillo y de forma concéntrica se desarrolló el núcleo urbano. Este castillo primitivo se conserva muy modificado en forma de ermita y ocupa la cima de una elevación que sobresale sobre el caserío.

El segundo formante es el sustantivo liscar, derivado de lisca 'carrizo' mediante el sufijo colectivo-abundancial -ar (lat. -ĀRE) 'lugar donde abunda la lisca' en relación al bosquete de lisca o carrizo (Cyperus longus) que rodea los ribazos de la estanca de Castiliscar que está situada cerca del núcleo urbano. Esta estanca se construyó con obra de sillería en 1536 sobre un almacenamiento de agua de naturaleza endorreica que anteriormente se llamó la alberca del lugar. La voz lisca no cuenta con una entrada propia en el Diccionario de la Lengua Española. Las voces de referencia para consultar el concepto son sisca, cisca y jisca (DLE, s. vv.). La etimología de lisca es incierta. Para Coromines, es una variante de lesca ‘antiguo nombre del carrizo’, voz de origen incierto, posiblemente prerromana, que tuvo un vocalismo vacilante (e / i / u) y que por la similitud de las hojas planas y cortantes de esta planta dio lugar a la palabra lasca (DCECH, s. v. sisca o jisca). El fitotopónimo liscar es muy frecuente en el norte de Aragón, de manera singular en las comarcas de las Cinco Villas (Zaragoza) y la Jacetania (Huesca).

Desde el punto de vista fonético, el apelativo CASTĔLLU 'castillo' se apocopa tempranamente al ir en posición proclítica (castil-, castel-) e impide la diptongación de la vocal tónica /-ĕ-/. Durante los siglos XIV-XV alternan las formas Casteliscar / Castiliscar. A partir del siglo XVI se consolida la segunda forma con la asimilación de las protónicas /e...i/ > /i...i/. En el siglo XII, cuando el lugar fue propiedad de la familia ribagorzana de los Entenza y después del conde Hugo III de Ampurias, el sustantivo liscar alterna con su equivalente catalán siscar (Castello Liscar / Castello Siscar).