Cidade costeira algarvia, cuja denominação mais antiga conhecida é a pré-romana latinizada Ossónoba. O topónimo perdurou durante as épocas romana e visigoda e os primórdios do domínio muçulmano sob a forma latina tardia Ocsónoba, transliterada em árabe como Ukšúnuba e Ukšúnya, aplicadas tanto à cidade como à província de que foi capital até ao séc. X (Domingues 1972). Devido à importância da comunidade moçárabe, de que daria testemunho a Cantiga 183 de Afonso X, o Sábio, «Pesar á Santa María de quen por desonrra faz» CSM, a cidade seria vulgarmente denominada Šantamaríyat ‘Santa Maria’ já no séc. X, embora na cronística árabe continue como Ukšúnuba. Passaria também a ser conhecida como Šantamaríyat Alġárb ‘Santa Maria do Ocidente’ para se distinguir de Šantamaríyat Alšarq ‘Santa Maria do Oriente’ (atual Albarracín, em Espanha). No séc. XI, seria a capital de um reino taifa sob o governo dos Banú Ḥárun, de quem adotaria o nasab (com perda do elemento ibn), que substituiu o locativo (tal como aconteceria com Santa Maria do Oriente que passaria a Santa Maria Albarracín). No séc. XIII, ainda é conhecida como Santa Maria de Faarõ, vindo a perder a invocação mariana sob domínio cristão no seguinte IberAlg, pp. 20, 31, 70.

A cidade de Faro foi tomada aos mouros em 1249 por D. Afonso III, que lhe outorgou foral em 1277. D. Manuel I concedeu-lhe foral novo em 1504 e D. João III elevou-a a cidade em 1540 e a sede episcopal em 1577.