Compuesto claro del sustantivo común castellano nava y el diminutivo moralejo, esto es, "la nava (del) moral pequeño". Tal y como se ha señalado ampliamente en otras voces en esta misma obra, con cierta seguridad se debe explicar moralejo, moraleja  como un derivado colectivo en diminutivo de mora 'fruto del moral', es decir, incluirlo dentro del amplio grupo de los fitónimos. La derivación colectiva con el sufijo -ejo, -eja de especies vegetales es frecuente en la toponimia, como se observa en casos como Almendralejo, Carrascalejo, Esparragalejo, Rosalejo y Zarzalejo. La interpretación fitonímica de Moraleja es la defendida, entre otros, por CastañoFernández_2004 y Nieto Ballester (DicTopEsp, s. v. Mora). Es importante señalar, con todo, que esta derivación diminutiva no necesariamente es propia, sino que en muchos casos se trata de una derivación "interior" a partir de un topónimo precedente,  ala manera de tantos casos del tipo Madrid-Madridejos, Cerceda-Cercedilla. Es el caso, con gran probabilidad, de nuestro topónimo que aparece en la documentación más antigua como Navalmoral sencillamente, para después adquirir el actual nombre en diminutivo para diferenciarse de otros Navalmoral de la zona de alguno de los cuales es, verosímilmente, extensión.

Respecto del sustantivo nava, muy frecuente en la toponimia española, hay que señalar que se trata de una palabra cuyo origen y significado no es fácil precisar con exactitud. El DRAE lo define como "tierra sin árboles y llana, a veces pantanosa, situada generalmente entre montañas". Como puede apreciarse se trata de una definición intuitiva y muy amplia, en la que caben realidades muy distintas. El gran número de veces en que aparece la palabra en la toponimia de amplias zonas de España en lugares muy distintos entre sí parece mostrar que ese significado, si es que fue tal en origen, se amplió notablemente.