Potamónimo de provável origem indo-europeia pré-latina, como sugere a sua relação com a onomástica pré-romana e indo-europeia. Vouga está atestado desde a Antiguidade, sob as formas Οὐακούα, em grego (cf. StraboGeo 3, 3, 4 e PtolomGeo II, 5, 3) e Vacŭa, as quais serão adaptações de uma forma pré-latina (DOELP).  Esta forma tem sido relacionada  com alguns teónimos peninsulares como Vacocaburio, Vacodonaego, o etnónimo Vaccei e os antropónimos Vacaccia, Vacani (genitivo de *Vacanus), Vacceus, Vaccula, Vacisi (genitivo de *Vacisus), Vacoria e Vacouia (Guerra_1998 p. 653). Vacŭa pode ser analisado em dois elementos, um radical Vac- e um sufixo -ua, este último identificável noutros topónimos como Merua, na parte oriental do convento bracarense da Gallaecia, e Budua, na Lusitânia e provavelmente Bótoa, na província de Badajoz (ibidem). Villar_2000 (p. 75/76) inclui Vouga numa série teónimos e hidrónimos, uns em território hispânico, outros fora da península, aos quais atribui a raiz indo-europeia *wek-, *wok-, ‘curvar, dobrar’ (IEW), cujo significado se torna compatível com a descrição das características físicas de rios com cursos sinuosos. A origem indo-europeia não latina e não céltica de Vouga enquadra-o, portanto, na problemática da primeira indo-europeização da Península Ibérica.