Con la documentación antigua de que disponemos no resulta fácil decidirse entre dos posibilidades de interpretación del topónimo. Estas dos posibilidades afectan al primer elemento del topónimo, que es un claro compuesto cuyo segundo elemento es condes o cuendes, con diptongación o no de /o/ tónica latina, cuya diptongación, en principio sería esperable. El primer elemento, en efecto, parece ser claramente el castellano vado procedente de lat. VADUM, de idéntico significado, pero al mismo tiempo hay que dar importancia al hecho de que bastante documentación antigua muestra reiteradamente Valdecondes, Valdecuendes (así, por ejemplo, el Becerro de las Behetrías), con lo que tendríamos un primer elemento "valle", también plausible. La documentación más antigua de que hemos dispuesto, de 1328, muestra ya la forma actual. Cabe, por ende, que ciertamente hayan existido las dos denominaciones desde antiguo y que incluso no haya que decir que una es alteración o cambio de la otra. La presencia del Duero en la misma localidad hace plausible que la villa surgiera precisamente en un vado o paso de este río, pero también es perfectamente posible que haya sido designada por encontrarse en un terreno llano, junto al río. La denominación Valdecuendes, a mayor abundamiento, se da ciertamente en otra localidad soriana, en Arenillas, y también reaparece sorprendentemente Valdecuende en Palencia (Valdespina), en la misma Burgos (Atapuerca) y en La Rioja (Tormantos), Valcuende (Valderrueda, León), formando un todo complejo de muy difícil explicación, pues cuesta bastante creer que en todos los casos sean denominaciones independientes. 

Añadamos también que tampoco podemos precisar con seguridad las razones de las grafías extrañas Valdecuendas, Vadacondas que se repiten en varias ocasiones, a no ser que se trate, simplemente, se errores de transcripción o lectura que se han reproducido de un texto a otro. Por último, el segundo elemento condes/cuendes puede ser lo que parece, esto es, una forma plural del sustantivo conde, pero teóricamente podría ser también el resultado del genitivo latino CŎMĬTIS acusativo clásico CŎMĬTEM, nominativo CŎMĚS. Una forma plenamente latina VADUM CŎMĬTIS habría dado siguiendo de forma absoluta las leyes de la fonética histórica castellana Vadocuendes, Vadocondes. 

Así pues, podemos concluir señalando que el topónimo parece ser "vado de los condes", pero podría ser también "vado del conde". Por último, cabría que hubiese convivido también una denominación del lugar como "valle de los condes" o "valle del conde".