Se trata de un topónimo de extrema dificultad, y ello a pesar de que disponemos de una documentación relativamente abundante de su nombre. Esta dificultad emana, fundamentalmente, de la segunda parte de sus dos miembros, pues el primero es, evidentemente, el común sustantivo castellano cilla, procedente del latín CĔLLA y que está presente en otros muchos topónimos de lengua castellana, del tipo Cilleruelo, Cilla, etc. El significado del sustantivo va desde "almacén de grano" a "bodega" o "lugar de oración", esto menos frecuente.

El problema, pues, radica en el segundo elemento que nos aparece documentado con varias formas que no parece posible reducir a una forma común. Por un lado tenemos que el lugar aparece denominado como Petra Lata en documentación de 1107 y de 1222, si es que la identificación con Cillaperlata es correcta, y parece que lo es. Esto es, aparece un topónimo que parece contener solamente el segundo elemento del compuesto Cilla-perlata. Por otro lado, sin embargo, encontramos formas abundantes, con las formas del segundo elemento -prelata, -porlata y, lo que es más sorprendente, -porrata e incluso -perrata. La documentación de que disponemos con todas estas variantes procede básicamente de Oña, con lo que podemos estar seguros de que en algunos o en todos los casos se trata de tradiciones gráficas que se reproducen en un lugar único. El castillo de Petra Lata con seguridad absoluta se alzó en el alto del mismo nombre y aún quedan algunas escasas ruinas de él. Se trataba de una defensa construido en los tiempos en  los que aún existía una rivalidad entre Castilla y Navarra por estos lugares. El municipio en el que estuvo este castillo es el de Busto de Bureba. SOn unos 25 km, pero por motivos que se nos escapan este lugar fue llamado "la cilla de Petralata", según nuestro parecer.

Así las cosas, y teniendo en cuenta el mantenimiento de una sorda intervocálica aparente, cosa imposible en principio en un vocablo patrimonial, nos parece que la hipótesis que se enfrenta a menores inconvenientes es suponer que, en efecto, el lugar fue denominado de forma relativamente artificial en latín PETRA LATA, "piedra ancha· por escribanos que han traducido un topónimo precedente castellano, que podría ser "piedra ancha", "pedraza" o cualquier otro por el estilo. Este topónimo traducido, a su vez, ha tenido cierto éxito y desarrollo a nivel oral y ha sufrido una ligera evolución fonética pasando de [petraláta] a -perlata, esto es, una mera síncopa de una vocal sílaba interior en un vocablo de cuatro sílabas. Este término latino forma el segundo término del compuesto que tiene el común cilla, siendo pues el topónimo algo así como "la cilla que está en Petralata", de donde Cillaperlata. Hay otros ejemplos seguros, o al menos más seguros que este, de hechos semejantes, como es el caso de Sacramenia (Segovia) o Espirdo (Segovia) por citar dos casos muy conocidos.

Las otras formas alternantes Cillaporrata, Cillaporlata, etc son de difícil explicación. Pueden ser básicamente o simples errores de copistas, que se reproducen en cadena o formas alternantes de la evolución fonética popular del mismo étimo o incluso ambas cosas a la vez.