Bárcena es un apelativo que designa un 'lugar llano próximo a un río, el cual lo inunda, en todo o en parte, con cierta frecuencia' (DLE, s. v.). El Diccionario de la Lengua Española lo identifica como una voz propia de Cantabria.

La etimología de bárcena ha sido objeto de interpretaciones muy diversas. En el Diccionario de la Lengua Española se propone como posible etimología la voz prerromana *bargĭna, der. de *barga 'campo inundado'. Anteriormente, Hubschmid (ELH, I, 48) propuso un étimo *(i)bark-ena 'lo de la orilla', derivado de *(i)barka (> varga) con el sufijo átono -ena, y relacionado con el vasco ibai 'río'. Montenegro (ELH, I, 511), en cambio, lo interpretó a partir del lat. MARGO, -ĬNE 'borde' (REW, p. 437, n.º 5355). Es evidente la relación tanto formal como semántica de las etimologías anteriores. En este sentido, debemos tomar en consideración el topónimo antiguo Barkeno y su forma latinizada Barcino (Plinio 3.22). El cambio de timbre /-e-/ > /-i-/ obedece a esta latinización y en ese estadio la voz es esdrújula /'bar ki no/ (Villar_2000, p. 401). Etimológicamente, este topónimo es un derivado secundario del tema *wark- formado sobre la raíz indoeuropea *war- 'agua, río'.