Topónimo de muy difícil explicación, pues carecemos de documentación antigua y es un caso único, lo que no es frecuente en el estudio toponímico. A nuestro conocimiento no ha habido ningún intento de explicación hasta la fecha por este mismo carácter aislado y por tratarse del nombre de un población pequeña, no muy conocida por los especialistas. 

A título de hipótesis solamente, apuntamos la posibilidad, que siempre es buena metodológicamente en casos como este, de topónimos aislados, de relacionar Madarcos con una serie de topónimos amplia que muestra un compuesto de valle más el sustantivo arcos, esto es, *Valle de arcos > Valdarcos. No es fácil precisar a qué "arcos" se refieren estos topónimos, pues no necesariamente en todos los casos deben ser los mismos. Puede tratarse, por ejemplo, y ello es seguro en algún caso, de unos "arcos" trazados en unas rocas de un cerro, una especie de "vaciados" de esa misma masa pétrea, por ejemplo. Se trata de los conocidos como "Arcos" de Valdearcos, en el municipio de Tabuenca, provincia de Zaragoza. Puede verse abajo una fotografía. Con todo, em amplio contenido semántico que "arco" tiene en la toponimia (de lo que es muestra su extraordinaria frecuencia) aconseja el considerar que puede haber otros muchos significados.