Sobre el origen del nombre de Alía se han propuesto varias teorías, aunque la más extendida y aceptada es la que parte del étimo árabe ‘alīya 'alta'. Entre las hipótesis con menos fundamento, hay que señalar la contenida en la respuesta dada en 1576 por el escribano público de la localidad al interrogatorio que mandó hacer Felipe II. En la contestación a la primera pregunta se dice que el origen del pueblo (escrito Halía) se encuentra en el nombre propio árabe Halí, que era un «moro prinçipal» que vivió en el cerro de Santa Catalina, a escasa distancia de la población actual (Hontanilla Cendrero, 2002: 551). La teoría antroponímica es la seguida también por Álvarez_1968 (74), quien considera que Alía es «la forma femenina de Alí en castellano».

Paredes y Guillén (1886: 38), basándose en que, en su opinión, Alía «significa al otro lado o a otra parte», propuso que Halía debía interpretarse como «el pequeño barco para ir y volver de una a otra orilla». El étimo al que habría que remontarse, según este autor, es el griego «Alos, que en latín es Alter». Evidentemente, la propuesta carece del más mínimo sentido.

La hipótesis que mejor suerte ha corrido hasta la fecha es la de estimar que Alía procede de la palabra árabe ʿalīya 'alta', es decir, de la consideración del nombre del pueblo como un orónimo. Esa es la propuesta que hizo en 1940 Asín Palacios (AsinContrib, 64) y la que han tomado como cierta, entre otros, Ariza Viguera (Ariza_1989: 509) y Robert Pocklington (Lexemas, 238 y Pocklington_2018, 199).

Castaño Fernández, sin embargo, interpreta el topónimo a partir de la voz árabe halīa 'ornamentos, cosas preciosas, trajes' (DGELE), y apoya su propuesta tanto en el poco acomodo que tiene el adjetivo alta para explicar el topónimo como en la grafía con /h-/ empleada durante la Edad Media. Según él, «el lugar habría sido denominado Halía > Alía, como una muestra de aprecio, del mismo modo que algunos lugares son llamados La Joya [...] o El Tesoro» (CastañoFernández_2004: 39). No obstante, no es necesario recurrir a un étimo distinto de ʿalīya para explicar la transcripción del topónimo con /h-/ inicial, ya que esa palabra comienza por ʿayn, que tiene una articulación gutural muy característica. Asín Palacios decía que su sonido era una «aspirada sonora, emitida con la laringe comprimida» (AsínPalacios_1959: 14). La forma Falía que se documenta en el Libro de la Montería y en algún otro documento es explicable por ultracorrección.

Con todo, cabe también otra hipótesis que no tenemos constancia que se haya tenido en cuenta para explicar el topónimo, y es la de partir de un antropónimo de radical al-. En zona lusitana, se han recogido —como nomen latino o indígena— un buen número de formas como Alius, Alia o Alio, a las que habría que sumar los abundantes testimonios epigráficos en los que hay duplicación de la consonante lateral (Allius, Allia) u otras soluciones (AntropLusitana: 114-121).