Se trata de un topónimo de difícil explicación, pero creemos que debe de ser, en última instancia, la misma que la apuntada en el caso de las localidades, también palentinas, de Amayuelas de Arriba y Amayuelas de Abajo, de la que Amayuelas de Ojeda dista más de 80 km.  La forma misma indica claramente que se trata de una forma diminutiva en -ola, posteriormente diptongada, formada muy probablemente a partir de Amaya, la histórica localidad burgalesa, de la que dista tan solo unos 45 km. La adición del segundo elemento toponímo se debe, precisamente, en gran medida, a la homonimia con las otras dos localidades. Se trata de la precisión de que la localidad se encuentra en la comarca de La Ojeda.