Aunque hoy la procedencia del topónimo Trujillo en el étimo latino *TURGALIUM está fuera de toda duda, esta interpretación es bastante moderna. Durante siglos, se han planteado distintas hipótesis para explicar el origen del nombre de la ciudad extremeña.

De todas las posibilidades hoy descartadas, la que ha gozado de mayor aceptación es la de tomar como base un supuesto TURRIS JULIA, ya que se consideraba que Julio César había sido el fundador de la ciudad. En la temprana fecha de 1621, Tamayo de Vargas dice al respecto lo siguiente: «Tuvieronla los Romanos por colonia de las contribuidas con nombre de Castra Iulia, o Turris lulia, de adonde se corrompió el que oi tiene» (Tamayo de Vargas, 1621: fol. 3v). Unos años después, Moreno de Vargas (1633: fol. 229v) también considera de ese es el origen del nombre de la ciudad cuando afirma que «lo más cierto es se le derivó del nombre de Turris Julia que le dieron los romanos». Y en 1645, Rodrigo Méndez Silva añadía: «Fundola Iulio César años quarenta y ocho antes de nuestra Redención, nombrándola Turris Iulia, Torre de Iulio, corruto Truxillo» (MéndezPoblación, 72). También se acepta TURRIS JULIA como étimo en Moya_1756 («[...] a la que en lo antiguo decían Turris Iulia, por memoria de su fundador Julio César, y aora, con lo que ha padecido el idioma, nombramos Truxillo, derivado de Torres de Julio, conservando con su original mucha harmonía esta voz») y en el Diccionario geográfico-estadístico de España y Portugal de Sebastián de Miñano (DicMiñano, IX, 83). Aparte de los problemas fonéticos que presenta la derivación de TURRIS JULIA para dar como resultado Trujillo, la única Turris Julia de la ciudad es la que pertenece a la iglesia de Santa María la Mayor, de construcción tardorrománica (Ramos Rubio, 2023: 25).

Otros autores prefirieron ver el origen del nombre de Trujillo en CASTRA JULIA, una teoría que toma como referencia lo dicho por Plinio en su Naturalis historia, ya que menciona una ciudad con ese nombre («Urgia cognominata Castrum Iulium», NaturalisHistoria, 3.10). De ese parecer son, entre otros, Viú_1852 (8) y Rodríguez (1879: 196), aunque este último autor inventa una ingeniosa explicación para dar entrada a otro étimo. Según él, el CASTRA JULIA original lo cambiaron los invasores bárbaros por un *BURG JULIA, y justificaba el cambio en que «no hay quien ignore que Burg significa aún en el día en esas naciones ciudad, pueblo, etc.» (Rodríguez, 1879: 222). A partir de *BURG JULIA no ve impedimento en formar *Turjulia y, desde esta forma, la serie de variantes gráficas documentadas en la Edad Media hasta dar como resultado Trujillo.

Incluso se ha llegado a pensar en un origen griego a partir de un supuesto *Trogilion o *Truxillon, tal como hizo el autor anónimo de un manuscrito del siglo XVII titulado Relación breve del' antigüedad de la muy noble y muy leal ciudad de Truxillo (Acedo, 1900: 49). Según Moreno de Vargas (1633: fol. 229v), el origen griego del nombre de la ciudad se debe a la interpretación del padre Jerónimo Román de la Higuera.

La explicación más extravagante para el origen del topónimo actual la ofrece Paredes_1886 (50-51), para quien «Trujillo significa encalar o revocar las paredes», y la ciudad recibiría ese nombre porque «sus edificios estarían revocados y se verían blanquear desde larga distancia, como hoy se ven». El insigne Nicolás Díaz y Pérez dio por buena esta interpretación (DíazPérez_1887: 929-930).

No obstante, hoy existe consenso en creer que el étimo que originó el Trujillo actual es un *TURGALIUM latino, pese a que en esa concreta forma no se ha documentado ni en la epigrafía ni en fuentes antiguas. Según Redondo y Galán (1987: 109), los orígenes de *TURGALIUM hay que buscarlos en un hipotético étimo prerromano *turaca, que remite a un lexema originario ilirio *teu- ‘hinchar’. Esta raíz indoeuropea la ofrece Pokorny (IEW, 1080-1085) bajo el lema tēu-, təu-, teu̯ə-, tu̯ō-, tū̆-, entre cuyos derivados incluye algunos que presentan formaciones con r- (lat. *tūro-s, gr. ταῦρος, etc.). La palabra *TURGALIUM estaría compuesta, en opinión de Redondo y Galán, de tres «integrantes morfológicos»: la raíz *tur-, el afijo -g- (probable sonorización de -c-, también de procedencia prelatina) y el sufijo -alium, con el que se latinizó el término. Y del *TURGALIUM latino al Trujillo romance hay que suponer influencia árabe, ya que la derivación patrimonial de la voz tendría que haber dado como resultado un Trugajo o Trugallo inexistentes. El mantenimiento de la consonante palatal /ʎ/ en la sílaba final se debe a influencia mozárabe.

El significado originario de Trujillo, según esta hipótesis, está relacionado con las características orográficas del lugar donde se asienta la ciudad. Trujillo sería, por tanto, un orónimo que remite a una hinchazón del terreno o un montículo, lo que se corresponde con la realidad geográfica: «El solar de Trujillo es un batolito granítico intrusivo, que tiene, en superficie, forma redondeada (denominada geológicamente monte-isla) que, a la postre, no es más que un abultamiento (“hinchazón”) de la penillanura trujillano-cacereña» (Redondo y Galán, 1987: 112). Edelmiro Bascuas también piensa que esta es la interpretación que ha de darse al topónimo (BascuasHidron_2006: 213). 

Más recientemente, Eustaquio Sánchez Salor ha formulado una nueva teoría para explicar el origen etimológico de *TURGALIUM. Su interpretación se acerca a la hipótesis expuesta por Redondo y Galán, aunque el significado de la base prerromana (*tur-) para Sánchez Salor –que sigue en ello las explicaciones de Villar_1996 (507-509)– es distinto del que le dieron los profesores citados: *tur- es una raíz hidronímica que podría significar ‘manantial’ o ‘borbotón’ y que está presente también en los nombres del río Turia o de la sierra de Tormantos. No obstante, su conclusión aúna los dos posibles significados del radical: «La raíz de Turgalium puede significar tanto promontorio como manantial o nacimiento de aguas; o ambas cosas al mismo tiempo: promontorio o roca del que manan fuentes. Lo que parece claro es que es prerromana; quizás celta» (SánchezSalor_1999: 118).

Otra posible interpretación del étimo *TURGALIUM es la que propuso el propio Sánchez Salor unos años antes (SánchezSalor_1979: 729). Este autor planteó la posibilidad de que ese étimo procediera de un antropónimo Turacia o Turaga, presentes ambos en algunas inscripciones encontradas incluso en el mismo Trujillo. A pesar de que la hipótesis no ha calado hondo, no es nada desdeñable, sobre todo teniendo en cuenta que también se conocen otros antropónimos que comparten el mismo radical y de los que se han encontrado vestigios en la zona, como un T(u)uraaio que ha aparecido en estelas de letra tartésica del suroeste español (Correa_1989: 244), un Turcaudus recogido en inscripciones de Abertura y del propio Trujillo (VallejoRuiz_2005: 113) y dos Turcale hallados en Sierra de Fuentes y Plasenzuela (Cerrillo, 2005: 42), además de otros antropónimos latinos bien conocidos, como Turaius, Tureus, Turinus, etc. (PalomarLapesa_1959: 365-366). En cualquier caso, todos esos antropónimos comparten el radical *tur-, al igual que lo hacen multitud de topónimos repartidos por la península ibérica, la mayor parte de ellos con sentido oronímico: Turón, Turuñuelo, Turueño, Toroño, Turilla, Pico del Torozo, etc. (Gordón_1992).