Hasta donde sabemos no se ha propuesto ninguna explicación para este topónimo, más allá de una ligera y dubitativa referencia a ello en Tejero_1983, 138, quien señala que con seguridad el primer elemento parece responder a lat. BŎNU, sin que parezca posible identificar un segundo posible elemento.
Ciertamente, su aparente aislamiento hace muy difícil proponer una explicación relativamente segura, dada la única forma Bohoyo de la que se parte. Con todo, si se admite, como parece posible, que quizá quepa considerar una variante El Moyo, que tenemos documentada, entonces se puede proponer una etimología fácil y transparente en todos los sentidos a partir de cast. monte (del) foyo,  "monte del hoyo". Al margen de la vecindad acústica de /b/ y /m/, cuyo intercambio hallamos en tantas ocasiones, hay que admitir que el compuesto haya sido lo suficientemente antiguo como para que haya habido síncopa de /e/ interior y creación de un grupo triconsonántico [ntf], resuelto en [nf], posteriormente pérdida de /n/ ante /f/ y ulterior desarticulación de /f/, con restos de ello en la grafía <H> y el carácter trisilábico de la palabra, al menos según la grafía usual. La evolución parece complicada fonéticamente pero es la usual en grupos [nf] de este tipo. 
La documentación de la forma El Moyo aparece en el Libro de visitaciones (véase más abajo) referida a la visitación (inspección) de la localidad de Forcajo, que debe de ser el actual Horcajo de la Ribera, que se encuentra a unos 11 km. de Bohoyo (dos  leguas de entonces). No es segura, por ende, la identificación de El Moyo con el Bohoyo actual, pero dada la cercanía de ambos lugares y la ausencia de Bohoyo en el libro Becerro de visitaciones, que tan exhaustivo es en la visitación o revista de todas la poblaciones de la comarca parece plausible. Nótese también que el artículo está presente al menos en Miñano 1829, lo que une más aún El Bohoyo con El Moyo.