Desde la obra seminal de Menéndez Pidal (MenéndezPidal_Origenes, 102) se considera que se trata del resultado de lat. ECLESIA ALTA, "iglesia alta" con una evolución fonética de ECLESIA (sic) > egrija y ALTA > ota. La documentación antigua a nuestra disposición parece apoyar claramente esta explicación. La evolución del sustantivo estaría presente en otros ejemplos castellanos muy conocidos, como Grijalba (Burgos, también Valladolid) o ya en Zamora Grijalba de Vidriales. Esta explicación es repetida usualmente (así MoralejoToponGallega, 297, DicTopEsp, 179, etc.).

A pesar de que esta interpretación parece muy clara y seductora, hay, sin embargo, motivos para considerar que cabe que todas estas formas ecclesia alta y variantes no sean más que latinizaciones artificiales de una forma Grijota. Este topónimo podría ser analizado como una forma aumentativa del sustantivo castellano grija que alterna con el más común guija y de significado general "piedra". Los principales argumentos a favor de esta posibilidad son: (a) lo sorprendente de esta evolución fonética ECCLESIA > egrija en territorio castellano, no gallego o leonés, evolución que no se daría en ningún otro topónimo (salvo Grijalba, ya mencionado), (b) las grafías del Becerro de las Behetrías que usan siempre <I> para la consonante de la sílaba interior, en contraste con el uso muy regular de  <X> para el fonema /š/, como es visible en el mismo documento Becerro de las Behetrías en casos como Buxedo, actual Bujedo (Burgos), XIV 276, 10 (Merindad de Castilla Vieja), como es también el caso de los muchos topónimos Requejo escritos en esta época siempre con  <X>, no con  <I>, pues aunque el étimo no es del todo claro se puede asegurar que tuvo /š/, no /ž/ (probablemente lat. CAPSEUM, de CAPSA, ‘caja’ o semejante, cf. cat. caix). Por último, la imagen toponímica de una "iglesia alta" por fácil y natural que pueda parecer no lo es en absoluto, mientras que si se entiende como grija, "piedra" el primer elemento tanto una forma aumentativa en -ota, como un deriva de lat. ALTA son mucho más frecuentes. En este sentido un topónimo como Alto de la Guija Blanca (Villanueva de la Vera, Cáceres) podría servir como cognado de los dos topónimos en los que se ha creído ver esta evolución ECLESIA > grija en Castilla y que, sin embargo, podrían tener, ambos, el sustantivo grija "piedra", pues esa guija, que es una variante de grija, es blanca (Grijalba) y está en un alto, es decir, es alta (Grijota, si es que -ota es aquí el resultado de lat. ALTA y no el sufijo aumentativo)