AlmeidaDicTopnPort propõe que o nome tenha evoluído do nome pré-romano Berese (< *Berse>*Besse>Bessa), o qual poderia ter assumido a forma *Berze, donde, depois, *Berce>*Berça>Beça. Os PMH (Inqusitiones, p. 1520/1521) apresentam Beza, com <z>, o que exclui a possibilidade de o topónimo e o hidrotopónimo se relacionarem eventualmente com o latim *adversa, uma vez que o resultado esperado seria *avessa; além disso, os PMH apenas apresentam formas com <b> inicial, razão por que não é de considerar tal étimo latino.

A identificação deste nome com o topónimo espanhol Baeza, que teria chegado a Portugal como apelido, para se converter em topónimo (DOELP), levanta sérias dúvidas. Com efeito, parece pouco plausível a relação entre Beça e Baeza, atendendo à etimologia mais aceite deste último topónimo, que remontará à forma Viuatia, do antropónimo Viuatius, por Beatia, na época visigoda, e pelo árabe Bayyāsa (cf. SabioGonzález_2022 p. 697 e García Sánchez_2007).

Não podendo relacionar-se a forma medieval Beza com o léxico latino-romance, nem com antroponímia latina, nem sequer com a topoantroponímia germânica – e uma origem árabe torna-se pouco plausível no Barroso, região onde  se encontra o potamónimo –, ganha força a hipótese de se tratar de topónimo pré-latino, mas de filiação linguística obscura. Tão-pouco é claro se o hidrotopónimo precede o topónimo ou vice-versa.