A nuestro conocimiento no se ha formulado ninguna hipótesis. Suele señalarse, sin citar fuente del dato, que se trataría de un plural de un apellido Patón, bien conocido desde época antigua, por haberse establecido allí personas de ese apellido procedentes de la localidad vecina de Uceda, de la cual, ciertamente, Patones dependió. La hipótesis no es absurda, pero es relevante la práctica inexistencia de topónimos de este tipo, derivados modernos de apellidos en la región de Madrid. Se considera, al tiempo, que este antropónimo Patón sería un derivado adjetival de pata, como orejón de oreja y algunos otros de este tipo. Sería, así, en principio un mote que haría alusión a una característica física.

 La toponimia española apenas proporciona ejemplos de este topónimo Patones, aunque sí hallamos algunos otros ejemplos, no muy numerosos, de Patón, pero parecen ser en la mayor parte de los casos  de origen antroponímico. Así las cosas, cabe considerar como posible étimo una forma romance *padetones evolucionada a *paetones y después patones. Esta forma *padetones sería paralela a paretones que hallamos bien documentada en extensas zonas de España, con una /d/ a partir de una variante pader, muy frecuente por todas partes. Se trata de una posibilidad sumamente hipotética, pero que tiene la ventaja de adecuarse perfectamente a la realidad del lugar, caracterizado por un enorme número de paredes, de muros, de cercados de piedra para usos ganaderos.