El sustantivo castellano bodón, bien documentado en toda época aunque de no muy amplio uso, aparece recogido como tal por el DRAE con el significado de "charca o laguna invernal que se seca en verano" . En este topónimo la grafía regularizada y oficial es ultracorrecta, pues muestra /h/ intercalada. La documentación desde época muy antigua muestra, sin embargo, la forma sin tal <H>.  No ha habido nunca tal, pues se trata de un derivado en última instancia del lat. bŭda, "enea", "espadaña", por crecer esta planta necesariamente en lagunas y aguas estancadas. Debe de estar causada por la convivencia de grafías con <H> y con <D> etimológica en casos de otros topónimos emparentados directamente, como es el caso de ejemplos del tipo Bodonal, Bohonal e incluso Bonal.