Es uno de los numerosos topónimos navarros con sufijo -ain y un antropónimo en la base. Caro Baroja (1945: 74) dice que quizás proceda de Linteus, nombre que nosotros no hemos podido encontrar.

El antropónimo es presumiblemente un derivado de *Lintius, probable gentilicio del nombre de origen celta Lintu(s) documentado en Amiens (Delamarre, 2007: 117). Es imprescindible la forma en -ius, puesto que una de las maneras de explicar Lintzoain es pensar en una base *Lintzo (Salaberri, 2022: 399), que solo puede proceder de un grupo -tjV o -kjV (véase Lloyd, 1993: 228). Por eso, es también posible ver en el topónimo el nombre personal Linceu documentado en el actual Túnez (EDH), de donde *Lincju > *Lintzu > *Lintzo, con -o final para cuando entró en la órbita de la onomástica vasca.

Otra posibilidad, dado que la neutralización actual en lengua vasca de fricativas y africadas en favor de las segundas tras sonante (en especial n y l) parece no muy antigua, es pensar en un nombre personal *Linso, que en euskera habría dado primero *Linzo, de donde, tras añadirle el sufijo -ain, Linzoain. Luego, cuando en época relativamente tardía las fricativas se africaron tras sonante, el topónimo se habría convertido en Lintzoain.

El sufijo procede del genitivo -ani (del latín -anus) que indica posesión y acompaña a nombres personales (véase Salaberri y Salaberri, 2023). Se trataría por tanto, en un primer momento, de 'la propiedad de *Lin(t)zo'.