A pesar de que tiene actualmente una forma ligeramente distinta fruto de una evolución fonética y quizá también de asociación etimológica o etimnología popular, este topónimo se integra en una serie, relativamente amplia, de topónimos que muestran formas Boad- Bovad- Bobad- a las que se añade el sufijo de diminutivo. Al añadirse el sufijo de diminutivo y no poder precisarse el lugar originario del acento en su base no es fácil decidirse entre dos posibilidades, entre dos étimos de origen, (1) el germánico *BÛWITHA, que hemos aplicado en el caso del topónimo Bóveda de la Ribera o (2) el latino-romance teórico *BŎVĀTA, "dehesa boyal", "lugar de pasto de bueyes". El primer sustantivo, del lenguaje técnico de la arquitectura, como es sabido, tiene un significado básico de "obra de fábrica arqueada, que sirve para cubrir el espacio entre dos apoyos y forma el techo o la cubierta de una construcción", según definición actual del DRAE. Es obvio señalar que a partir de este uso técnico y concreto se pudo a pasar a la designación, en un significado más amplio, de cualquier construcción con arcos, de una cripta, etc.  Incluso cabe la aplicación metafórica, por supuesto, para la descripción orográfica. Desde antiguo aparece en castellano una variante del vocalismo bovada, boveda. Tanto en un caso como en el otro se habría producido en muchos casos, aunque no en todos, posteriormente la desarticulación de la consonante intervocálica. Así pues, se señala abajo los dos étimos como posibles. O bien se trata, pues, de una referencia arquitectónica o bien una referencia ganadera, digámoslo así. La abundancia de casos de Boadilla, Bobadilla puede indicar que no en todos los casos estamos ante orígenes independientes, sino que puede haber habido traslados toponímicos o antroponímicos. Igual sucede con el diminutivo, que puede ser en algunos casos diminutivo de traslado de forma ya toponímica. A partir de Bóveda, Bovada, Bobada se ha producido entonces un derivado del topónimo por su dependencia o por ser traslado de la población, no tanto por tratarse de una bóveda pequeña o una dehesa boyal pequeña. 

Así pues, el topónimo debe ser comparado con todos los demás Boadilla, pero se ha producido un cierre posterior de /o/ en hiatyo, algo natural en castellano, y después una evolución del grupo fonético [bwa] a [gwa], un hecho tambièn frecuente, del tipo güeno por bueno, agüelo por abuelo. El hecho, por añadidura, ha podido ser favorecido también por una asociación con la palabra agua y su derivado aguada, de donde aguadilla, que aparece en efecto como topónimo en pocos casos. 

Respecto del segundo elemento que en este caso se ha fosilizado en el compuesto, se trata de un caso distinto a otros que se ha estudiado como Boadilla del Monte, Boadilla de Rioseco, pues propiamente aquí es otro topónimo en sí mismo, y además compuesto. Boadilla de Villamar es, pues, la Boadilla que está junto a Villamar. Este segundo elemento es claramente un compuesto de villa y un segundo elemento antroponímico, probablemente en genitivo. Con todo, no es fácil precisar de qué antropónimo puede tratarse. El topónimo se repite exactamente en Asturias en tres ocasiones (Oviedo, Cudillero y Salas). El segundo elemento, según señala GarcíaArias_PueblosAst, 292, podría ser tanto MARUS, como AMĀRUS como MĂRIUS. No se precisa, pero entendemos que en genitivo, esto es *VILLA MARI, *VILLA AMARI o *VILLA MARII.