En las fuentes clásicas no se menciona este río, mientras que la documentación medieval transmite el hidrónimo con un polimorfismo que hay que analizar para intentar fijar el étimo. La forma más abundante (cf. documentación medieval)  es Iroga (en tres documentos) con la variante Hiroga (un documento) e Iruega (un documento); también frecuente es Eiroca/Eyroca (dos documentos) e Iroca (un documento); le sigue la variante Erueka/Eruka (dos documentos) y parecen testimoniales Erroca (un documento) e Irriguam (un documento).

Aznar Martínez (TopEuskRioja, s.v. Albelda de Iregua), deriva Iregua de *Erroka/*Eroka, variante de erreka, = "arroyo, regachuelo". Lo justifica porque hay muchos apelativos vascos relacionados, como (h)erroka/herrenka, lerroka/lerrunka, arenka/erenka. Y añade "De hecho, aunque erreka esté en la actualidad estabilizado con el sentido principal de “arroyo”, en principio no significaba otra cosa que “surco, zanja”, y por extensión “línea, raya”, como sus variantes arraka = “hendidura”, erka = “surco”, errekada = linea, renglón, fila”, etc. En origen todos estos términos deben de ser derivados de los antecesores directos de voces como arro / arroka = “barranco, hondonada”, y erren = “interrupción, corte”.

A priori es imposible que Iregua venga del vasco erreka. ¿Por qué Iregua tiene una alveolar batida, no vibrante,  y cómo se explica el diptongo final -gua? Además, el vasco 'erreka es, formalmente, un préstamo, porque -ka no es sufijo modal del tipo golpe-ka 'a golpes', sino parte de la base léxica. Como se razona en DCECH (s.v. regar) existen relaciones formales y de sentido entre erreka y los romances, ast. riega, prov. rega, cat. rec, etc., que significan "regato" y "surco". Hay que desechar la base ibero-vasca RECU que proponen Corominas-Pascual, porque ni en ibero ni en vasco empezaban las palabras por R; por el contrario, es posible la céltica RICU, porque en galo hay *rica (cf. Delamarre, pg. 253), que da fr. reie, roie y luego raie 'surco'. Es probable que  hubiera una contaminación con lat. rigare 'regar'. El vasco mostraría un vocalismo románico -e-, como en provenzal, pero un mantenimiento de -k- sin sonorizar.

Empezaremos por constatar las vacilaciones del escribano, que en un mismo documento escribe el nombre del río con dos formas distintas, prueba de que no entendía bien el término. Véase en el año 1044 Iruega e Iroga (quizá entendió que el diptongo procedía de una -O- y de ahí la doble forma), y en el 1063 Eruka y Errueka. Son comprensibles las demás vacilaciones que vamos a razonar.

Para explicar su étimo debemos prescindir de las formas Irriguam y Erroka (y Errueka). Aunque son las más antiguas, Irriguam seguramente se debe a la asimilación que hizo el escribano entre una forma como Iregua y el latín irrigare, explicación que da por válida Madoz (cf. infra documentación moderna). Para Erroka remitimos a las razones aducidas supra.

Se puede postular una forma primigenia Eyroca/Eiroca, cuyo diptongo se habría reducido y la gutural sorda se habría sonorizado, produciendo la forma Iroga (la más abundante en nuestra documentación). Posteriormente se habría producido la diptongación de la -O- y una ulterior metátesis de la -U-. Esta sería la secuencia: Eiroca > Iroca >Iroga >Iruega >Iregua. También podría ser una forma Eroca o Iroca, que habría producido las vacilaciones del escribano.

Se podría pensar que lo más antiguo es Iroga, y de aquí Iruega > Iregua. De ser así podría haber una relación con lo que parece un final -quizás sufijo- en Ega, Arga, que tal vez tengamos es Lerga, Ziga, y otros topónimos vascos. Pero no podríamos explicar las formas terminadas en -ka/ca, porque lo habitual es la sonorización de la gutural sorda intervocálica. Por eso proponemos un étimo *eiroca.

El río Iregua no se documenta en las fuentes clásicas. Tampoco hay ríos con formas similares, siendo el más parecido Urius (SchultenGeografía, II, 64-65), pero con claras diferencias, vocálicas sobre todo.

Por todo ello se puede pensar en el céltico *rica (los berones son de estirpe céltica), que debería producir *rega, pero no se ve clara la evolución que produce Iregua.

También se podría pensar en unos vascohablantes que a la voz *riga le habrían aplicado una epéntesis (posible porque el vecino río Leza tiene etimología vasca), pero también tendrían que haber alterado la vocal -E- convirtiéndola en -O-.

Evidentemente, es un topónimo de étimo prerromano, cuya forma y significado permanecen oscuros.