Se trata de uno de los numerosos topónimos acabados en -ain que encontramos sobre todo en la parte central de Navarra. El final -ain procede del genitivo del conocido sufijo -anus tan extendido en la Romania, de -ani, con evolución eusquérica.

La base es el nombre personal Garixo que encontramos en la denominación personal Garcia Garisso (1099-1122) de la documentación de Iratxe (N) (Lacarra, 1965: 133), forma eusquérica del también documentado Galisso Garceiz, Calisso Garceiz (s. XI, Lacarra, 1965: 100) que ha experimentado el paso de la lateral lenis a tap en posición intervocálica, hecho habitual en fonética vasca.

Este nombre hunde sus raíces en el pasado, pues encontramos Calixsonis (genitivo; Mitxelena, 1954: 417; Gorrotxategi, 1984: 131, 181, 369) en las inscripciones aquitanas de comienzos de nuestra era, con sufijo -xo(n), -xso(n), que tal vez se pueda identificar con el medieval ­-so, -xo de Argisso, Garbisso, etc. (véase Salaberri, 2009: 186 y ss.). En Araba / Álava se documenta Garissuri, Garisuri (Sancius Aluaro de Garissuri, Sanctum Pelagium de Garissuri, Petrus Ueilaz de Garisuri, 1110, c. 1167-1172, Martín Duque, 1983: 315-316, 428), despoblado, que estará por lo que ahora escribiríamos Garisuri, Garixuri, con el citado nombre Garixo como primer miembro del compuesto y huri 'población', 'villa' como segundo, equivalente vasco de Villa Gariso de Burgos (1095, 1107; García Andreva, 2010: 414), hoy Villagalijo, con una /x/ procedente de una fricativa prepalatal sorda.

La acepción original del topónimo era sin duda 'la propiedad de Garixo'. Los testimonios documentales dejan claro que tenía una /ʃ/ que luego, tal vez por influjo de la lengua oficial, se despalatalizó, al parecer en el s. XVI.