En la primera fase del proyecto coordinado Toponomasticon Hispaniae (2021-2025), el subproyecto Toponimia del País Vasco y Navarra llevó a cabo el estudio de 967 formas toponímicas de los dos territorios que comprende, considerando las fichas de los topónimos, de los étimos y los cognados, prácticamente todas ya disponibles en la aplicación para consulta libre. Son fundamentalmente macrotopónimos, junto a algunos corónimos, orónimos e hidrónimos. 

Se continúa ahora con la elaboración de fichas toponímicas y etimológicas, prestando especial atención a dos aspectos: por un lado, a la prolongación antroponímica, es decir, a los apellidos (e incluso nombres personales) a los que dieron lugar determinados topónimos; por otro lado, a la proyección americana: cómo la toponimia vasca y navarra se refleja en América. 

En esta nueva fase (2026-2029), el equipo Toponimia de Aragón, Cantabria y La Rioja está encardinado dentro del subproyecto  Toponimia centropeninsular e insular atlántica, el cual abarca una zona amplísima, que comprende Aragón, Cantabria, La Rioja, Navarra, País Vasco, la mayor parte de Castilla y León y de Castilla-La Mancha, Madrid, Extremadura, Andalucía y las islas Canarias.