Berceo proviene, para Nieto Ballester (DicTopEsp, s.v.), de la voz común castellana ‘berceo o barceo, un tipo de esparto, origen de Bercedo (Burgos) o Bercial (Segovia). Sin embargo, para Menéndez Pidal (MGHist, 47b) y para Alarcos (ApunTopRioja, 490), procede de Vergegium, lugar donde nació San Millán.

Corominas (DCECH, s.v.) recoge ambas teorías, pero desecha la segunda, porque Menéndez Pidal no dice de dónde toma el topónimo Vergegium, ni explica posible etimología. Alarcos lo deriva del lexema céltico *berg = montaña.

Efectivamente, Vergegium lo transmite San Braulio en el siglo VII (VitaSEmiliani, III.10 y V.12), y se documenta en el Cartulario de San Millán, bien con la forma Bergegio (año 952), Berceio (años 1085 y 1106) y Berceo (en 1113), forma que mantiene actualmente.

Creemos, por tanto, que tenemos que postular un nombre prelatino, escrito Vergegium (la fluctuación v/b es habitual  en castellano), porque, si hubiese sido con -B- no existirían las formas visigótica y medieval.

La evolución fonética cumple las reglas del romance castellano. Como explica Menéndez Pidal (cita anterior), el grupo consonántico –rg deviene –rz (cf. Argilla > arcilla, spargere > esparcir, e incluso el topónimo Bergidum > Bierzo). El grupo –gy deviene –y (formas medievales Berceio), y finalmente se produce la reducción de la y consonántica, (además de la apertura de la –u final, evolución generalizada en castellano). Es decir: Bergegiu > Berzeio > Berceo.

El topónimo prelatino reposa en un lexema *bhergh, que pertenece a un estrato indoeuropeo precéltico que significa ‘montaña, altura, como ya explicó Alarcos (vid. Supra) y desarrolla ampliamente Villar 2000, 435).