El nombre de Ejea de los Caballeros ha sido desde antiguo un topónimo discutido. Su análisis se ha visto afectado por distintas polémicas, unas de carácter histórico y otras de naturaleza estrictamente lingüística. En primer lugar, la identificación del topónimo que en las fuentes antiguas se menciona como Sekia o Segia con la actual villa de Ejea de los Caballeros, localización que hoy se da por confirmada (Top_5Villas, 43-47). En segundo lugar, la tesis que Ramón Menéndez Pidal expuso en su trabajo Toponimia prerromana hispánica según la cual, el topónimo Ejea testimonia la presencia del término prerromano etxea lejos de los límites del vascuence (véase infra). En tercer lugar, los problemas de interpretación que plantea el topónimo a partir de las leyendas monetales y la variabilidad de sus formas a lo largo de la historia. Y, en cuarto lugar, las dudas sobre la adscripción celtibérica del topónimo Sekia —ya apuntadas en 1975 por Untermann (MLH, I, 1: 89 )— que surgieron tras la publicación de los trabajos de Villar (CeltibéricoTopnPrerr, 17-38 y 39-56) en lo que respecta a las silbantes y su distribución en toda la epigrafía celtibérica de acuerdo a una única norma (Top_5Villas, 52-58).

En lo que se refiere a la explicación semántica, tradicionalmente, el topónimo Ejea se interpretó a partir de la raíz indoeuropea y propiamente céltica *seg- o *segh- ‘victoria, poder’, similar a la que constituye los topónimos Segorbe, Segovia o Sigüenza. Sin embargo, esta interpretación no tuvo en consideración en dos hechos lingüísticos relevantes. En primer lugar, la abundante presencia del radical seg- y sus variantes sig-, sag- en nombres de ríos de estirpe indoeuropea. En segundo lugar, la existencia en el protoindoeuropeo de la raíz *sik-, *sek - (>*seik^w- en indoeuropeo) ‘corriente de agua’ (DicProInd, 147).

A partir de estos hechos algunos autores procedieron a revisar algunos de los topónimos que tradicionalmente se venían interpretando en relación a la noción de ‘poder, victoria’ para analizar su posible entronque con el sentido hidronímico de *sik-, *sek- (Galmés_2000, 10-11). Se trata de un fenómeno bastante común en toponimia: el trasvase de hidrónimo a topónimo, es decir, palabras que en su origen nombran cursos de agua pasan a nombrar los lugares por los que fluyen.

El núcleo urbano de Ejea de los Caballeros está rodeado por dos ríos con el mismo nombre, Arba de Luesia y Arba de Biel, que confluyen poco después en un lugar conocido desde antiguo como Arasias. La denominación de estos ríos, que alude a su lugar de procedencia (Luesia y Biel), tiene origen medieval. Es probable que, en sus inicios, uno o ambos cauces tuvieran nombres distintos, debido a la necesidad de diferenciar dos cursos de agua claramente independientes. Así, Sekia o *Segia pudo ser un nombre primitivo del río o estar relacionado con alguna característica del mismo, y con el tiempo se empleó para designar el núcleo poblacional más relevante de la zona: la actual villa de Ejea de los Caballeros (Top_5Villas, 52-58).

En lo que se refiere a la evolución fonética, la villa de Ejea de los Caballeros sólo ha tenido desde sus más remotos orígenes un único nombre. Un solo nombre, eso sí, que ha ido modificándose al compás de determinados fenómenos fonéticos en los que intervienen de un modo directo las lenguas de los distintos pobladores que a lo largo de los siglos se han asentado sobre su territorio (Top_5Villas, 47-52; Cortés_2011, 85-108).

El testimonio más antiguo se encuentra en las monedas (denarios, ases, semises y cuadrantes ibéricos) acuñadas en la ceca ejeana durante el siglo II a. C. En los caracteres ibéricos se lee la forma Sekia, posteriormente latinizada como *SEGIA. A este respecto, hay que aclarar que el nombre *SEGIA no aparece documentado como tal en las fuentes antiguas, sino que es una forma reconstruida que se deduce del adjetivo SEGIENSES que aparece en el Bronce de Áscoli con el que se identifica a los nueve jinetes de la Turma Salluitana: los SEGIENSES son los jinetes ‘que procedían de SEGIA’.

Partiendo de la forma latinizada del topónimo (*SEGIA), el cambio que determina el primer estadio evolutivo del topónimo está propiciado por la creación del grupo -GY- que posteriormente palataliza en /y/ (*SEGIA > *Seya).

El segundo estadio evolutivo del topónimo nos es revelado por las fuentes árabes y se caracteriza por la acomodación del étimo a la pronunciación árabe (*Seya > Šiya). El fenómeno fonético más relevante de este segundo estadio es, sin duda, el paso de la consonante inicial apical /s-/ a la fricativa prepalatal /š-/ (Šiya).

El tercer estadio evolutivo se sitúa entre finales del siglo XI y principios del XII, periodo cronológico en que el topónimo aparece mencionado por primera vez en fuentes cristianas (Šiya > Esseia, 1084; Exeia, 1087). Este tercer estadio se caracteriza desde el punto de vista lingüístico por la aparición de la /e-/ protética en el topónimo previamente adaptado al árabe andalusí. Se trata de un apoyo vocálico generado para favorecer la pronunciación de la sibilante fricativa prepalatal sorda /š/ en posición inicial. Esta es la explicación de la duplicidad de formas que se observan en aquellos topónimos que comienzan con la sibilante prepalatal /š/ en posición inicial y alternan en la documentación con prótesis y sin prótesis vocálica (cf. Xalon / Exalone [río Jalón]; Xaulin / Exaulin [Jaulín]; Xarque / Exarque [Jarque del Moncayo]). En un documento de 1134 conviven las formas Xeia / Exeia.

El cuarto estadio se define por la aparición y estabilización de la forma netamente medieval del topónimo, Exea, documentada por primera vez en 1124. En este estadio se observan dos fenómenos fonéticos importantes. En primer lugar, la consolidación y estabilización de la /e-/ protética; en segundo lugar, la /y/ intervocálica se debilita y termina desapareciendo sin repercusión fonética (Exeia > Exea) (cf. Boleia > Bolea [Bolea, Huesca]; Orreia > Orrea [Urrea de Jalón, Zaragoza]; Gorreia > Gurrea [Gurrea de Gállego, Huesca].

El quinto estadio del topónimo se caracteriza por la adición al topónimo base del sintagma prepositivo “de los Caballeros”, adición que solo se consolida a finales del siglo XV. Este adyacente preposicional “de los Caballeros” no tiene un valor posesivo (cf. Carrión de los Condes), ni tampoco honorífico bajo formas de cognominación modernas (cf. Sos del Rey Católico), sino que sirve para especificar el estatus de la villa en el seno de la organización jurídica del Reino de Aragón. Dentro de los cuatro grupos o “brazos” que integraban las Cortes de Aragón durante la Edad Media (barones y ricos hombres; concejos; clero; caballeros, hidalgos e infanzones), Ejea participaba como miembro de este último grupo integrado por la baja nobleza.

Sinópticamente, la evolución del topónimo es la siguiente:

Sekia, Zekia > *SEGIA > Šiya (871-872) > Exeia (1087) > Exea (1124) > Egea, Ejea

La interpretación de las inscripciones monetales de la ceca homónima presenta diversas dificultades. Jürgen Untermann (MLH, I, 1, 89) señaló en 1975 la diferencia gráfica entre sekia y otros topónimos relacionados (śekiśamoś, śekobiŕikes, śekaisa), ya que los signos para las silbantes en celtibérico tienen valores fonéticos distintos. Los compuestos con sego- o seg- emplean el signo M (tipo san), a diferencia de Segia, lo que lleva a Beltrán (1999, 67) a proponer la transcripción zekia.

La interpretación del topónimo Ejea ha estado influida por el análisis de Ramón Menéndez Pidal en su artículo de 1918, “Javier-Chabarri. Dos dialectos ibéricos” (PidalTopPrerr, 239-240). Según Pidal, Ejea derivaría de la voz vasca etxe-a ‘la casa’, que aparece en topónimos vascos como Etxabarri ‘casa nueva’, Etxeberri > Javier, Javierre, en el País Vasco, Navarra y Huesca. Esta hipótesis, que ha tenido gran repercusión histórica y lingüística, sugeriría la presencia del vasco etxea fuera de su área lingüística. Sin embargo, Pidal basó su propuesta en la forma medieval Exea, muy parecida a etxea, y no en las formas antiguas (Sekia, SEGIA, Šiya). Por tanto, la relación Exea-etxea se fundamenta en una convergencia homonímica, donde dos términos de distinto origen lingüístico coinciden formalmente en un momento evolutivo.

En la historiografía sobre Ejea aparecen dos nombres que no forman parte de su evolución histórica, pero han sido recurrentes. El primero, Egessa, se asocia a una supuesta ceca visigótica, considerada una continuación de la ceca ibérica, mencionada en una moneda atribuida a Leovigildo que conmemora una victoria sobre los vascones. No obstante, esta moneda ha sido identificada como falsa (Cortés_2011, 88 y 94). El segundo, Setia, surge de una errónea transcripción de Σέγια como Σέτια en un pasaje de Claudio Ptolomeo (siglo II d. C.). Este error, perpetuado durante siglos, fue recogido en 1790 por José Ferrer y Racaj en su obra Idea de Exea (Ferrer, 1790, 2).

En cuanto a la ortografía, hasta finales del siglo XVIII se usaba Exea. A partir de entonces, con las normas de la Real Academia Española, se adoptó Egea, aunque Ejea se empleaba ocasionalmente. Esta duplicidad (Ejea-Egea) persistió hasta la década de 1970, cuando la administración estableció definitivamente Ejea.