Para su etimología se debe partir de la forma latina Vicaria, puesto que los arabistas no reconocen en ella un étimo árabe. Por tanto, las formas Bucayra, Bucaria, Biqîra, Baqîra son las formas que adoptaron loa árabes para pronunciar y escribir una palabra ajena a su lengua, lo que puede explicar esa fluctuación.

La palabra romance debe proceder de Vicaria, como sugiere con dudas Alarcos (ApuntTopRioja, 495). En principio vicaria no deriva de vicum, como dice él, sino de vicem (vez). Las diferentes formas con que la escriben los escribanos cristianos se pueden explicar partiendo de Vicariam (cf. infra, año 1060); Vecaria y Uecaria significarían una duda gráfica del escribano (la -V- latina se pronunciaba -u-). Como la -i- de Vi es en latín clásico breve, la -e- sería el resultado de la apertura de dicha -i. Bechera sería la forma evolucionada del sufijo -aria y Begera añadiría la sonorización de la sorda intervocálica. Es decir; la evolución normal, siguiendo las reglas fonéticas del castellano, sería Vicaria > Vecaria > Vecaira > Vekera > Vegera > Viguera, evolución que se puede reconocer en las formas documentadas: Vicariam/Vecaria > Bechera > Begera. Sorprende la forma Bigeira, más lógica en el dominio lingüístico gallego.

Alarcos vinculó el termino con vicus (no con vicem), etimología que asume Nieto Ballester relacionando Viguera con Vigo (DicTopEsp, 360-361). Si es así vicaria significaría "abundancia de barrios", es decir sería una [civitas] vicaria, forma y significado que se habría acuñado en el Bayo Imperio o en época visigótica. Este étimo justificaría la permanencia de la -i- puesto que vicus tiene -i- larga. De cualquier manera, no es una razón determinante, porque del derivado vicinum deviene "vecino". Los testimonios medievales documentan la apertura en -e (Becaria, Begera), aunque después se volvió a cerrar (Viguera).

No obstante, no es fácil identificar qué significaba Vicaria para los autóctonos. Vicarius en latín significa "sustituto, suplente" (= el que hace la vez de). Por eso Vicaria significó también "subprefectura". No es exactamente la "residencia del gobernador", como explicó Madoz (DicMadoz), pero tal vez fue "una ciudad de rango inferior", conocida como civitas vicaria, quizá con relación a Vareia. De hecho, ocupa una posición estratégica, porque desde allí se penetra en el Camero Nuevo y  es la ruta natural que conecta Vareia con Numantia. Por la distancia desde Vareia (22 km.) probablemente fue la primera mansio de dicha via romana, pero tan importante que pudo ser percibida como una "ciudad secundaria"; quizá no sea casual que en los documentos se le denomine civitas y urbs. A priori parece más verosímil que el nombre se refiriera a una "ciudad de varios barrios".