El topónimo que estudiamos muestra históricamente una gran uniformidad y la diferencia entre los diversos testimonios se reduce a la presencia de <z> unas veces y de <ç> otras, grafemas que representan, muy probablemente, una africada predorsal sorda /ts̻/, es decir, el sonido que en euskera moderno se escribe <tz>.

En 1268 encontramos el topónimo provisto de <h> inicial, que parece no tener, aunque esto no es completamente seguro, ningún valor fonético, dado que, si bien la aspiración en huntz (Hedera helix, 'hiedra'), base del nombre, es antigua y normal en las hablas que la mantienen, en el resto de los testimonios no hay h- y se debe pensar, por lo tanto, que, al igual que en otras ocasiones, era un grafema digamos «parásito», ya que en este caso la vocal va seguida de una consonante, al contrario de lo que ocurre con otros nombres de lugar como Huarte en los que la u inicial va seguida de vocal y la h- es una manera de expresar que la letra siguiente, a menudo <v>, representaba una vocal, no una consonante, es decir, que había que leer Uarte, no Barte.

En lo que atañe a la etimología del topónimo, Menéndez Pidal (1918: 239) cree que en Unzué tenemos el sufijo vasco –oi, –koi «que significa 'tendencia, propensión'», pero dicho lingüista estaba equivocado en este caso, ya que el sufijo, si bien eusquérico como quería, no era –oi, sino, en opinión de Mitxelena (AV, 579) y del resto de autores que se han ocupado del tema (véase Irigoien, 1990: 52), el locativo –ue 'lugar', que encontramos en Arrue, Unanue, etc., con gran probabilidad la forma original de –gue presente en Etxague, otra localidad de la Valdorba / Orbaibar (N), y también en Olague de Anue (N), entre otros, alomorfo de –(g)un, –(k)un que tenemos, por poner un ejemplo, en el nombre de la localidad navarra de Arizkun (< haritz 'roble' + -(g, k)un 'lugar de'; cfr. Egozkue, en Anue, N).

La base clara es huntz 'hiedra', que aparece igualmente en otros topónimos vascos como Untzu (Unzu con grafía castellana), en Ezkabarte (N), cerca de la capital, compuesto de la misma base y del sufijo locativo-abundancial –zu, con el mismo significado inicial que tenía Untzue, es decir, 'lugar abundante en hiedra'. Es posible que también el sufijo –zu esté presente en el nombre de la localidad valdorbesa, es decir, que los elementos formativos sean huntz + –zu + –ue, con el mismo sentido de 'sitio de hiedras', dado que la acumulación de sufijos es bien conocida en lengua vasca (cfr. Untzueta, paraje de Ozkoidi, Urraul Alto / Urraulgoiti, N, al parecer de huntz [ + -zu] + -ue + -eta). No obstante, la explicación más económica, y por tanto la que debe tener preferencia mientras no se demuestre lo contrario, es considerar que los componentes del topónimo son el nombre huntz 'hiedra' y el sufijo locativo –ue.

Que el nombre vasco tiene <tz> (Untzue) es muy claro; es la forma en la que los vascohablantes navarros lo pronuncian, dado que la neutralización de sibilantes tras nasal en favor de la africada está muy extendida en toda la zona de habla vasca. Hay testimonios en las obras de Lizarraga el de Elkano, escritor del Valle de Egüés / Eguesibar (N) de los siglos XVIII-XIX, pero también tenemos, gracias a la recogida de materiales del príncipe L.L. Bonaparte publicados por el académico de Euskaltzaindia P. Ondarra (1982), un buen número de testimonios del euskera de Puente la Reina / Gares (localidad cercana a Unzué) con africada tras sonante (n, r, l), sea dicha africada etimológica, sea fruto de la neutralización: entre otros trae Bonaparte untzosto 'lierre' y 'feuille de lierre' (< huntz 'hiedra' + hosto 'hoja'), es decir, 'hiedra', 'hoja de hiedra', sustantivo que está en la base de nuestro topónimo Untzue. El nombre común huntzosto todavía es empleado en algunas hablas para designar la hiedra, por ejemplo en Luzaide / Valcarlos (Kamino y Salaberri, 2007: 95).

La ortografía castellana es defectiva a la hora de representar los sonidos africados vascos, puesto que el castellano carece de las africadas predorsal (/ts̻/, <tz>) y apical (/ts̺/, <ts>) vascas y las representa con los grafemas <ç>, <c>, <z>, <ch> y <s>, <ss>, <ch> respectivamente, que corresponden a los sonidos más cercanos que el castellano posee. Por esta razón, el topónimo de Olóriz / Oloritz Untzuebidea 'el camino de Unzué' y el topónimo de Sánsoain / Santsoain Untzueondoa 'lo de junto a Unzué', 'lo de junto a la muga de Unzué' se escriben Uncue videa, Unzue videa en 1714 (Jimeno director, 1997: 265) y Unzué ondoa en 1830 (AGN, San Martín de Unx, 87, protocolo de A. Ruiz).

Unçue era, así mismo, una de las bustalizas que la Orden de Roncesvalles tenía en «Luzayde», es decir, en Valcarlos (1284, Ostolaza, 1978: 244, 271, 273). Se documenta también en los llamados zilegimendiak del Urumea a partir del siglo XVI, y está vivo todavía en los topónimos Untzueaundi 'Untzue grande', Untzueko lepoa 'el col, el paso de Untzue', Untzueko mintegia 'el vivero de Untzue', etc. (Zaldua, 2012: 208, 320, 698). Seguramente el Unçue de «la corta de Unçue» que encontramos en la muga de Arnani (Crespo, Cruz y Gómez, 1997: 122), es decir, de Hernani (G), es el mismo que Zaldua documenta y analiza.