Se trata de un topónimo tautológico constituido por dos elementos. El primero de ellos, Peralta, nos remite al étimo latino pĕtra alta ‘piedra alta’, a su vez compuesto también, un orónimo que debe hacer referencia a alguna de las pocas elevaciones que se hallan actualmente próximas a la población, seguramente al lugar conocido hoy como Peralta la Vieja, próximo al río Alcanadre, en el que se ubicaba un poblado ibérico (https://www.peraltadealcofea.es/peralta-de-alcofea). Esta explicación etimológica viene avalada por las formas registradas en la documentación medieval de finales del siglo XI y principios del siglo XII, de manera que deben ser descartadas otras propuestas escasamente justificadas (cf. Miguel_2015, p. 360).

Para explicar el segundo de los componentes, Alcofea, nos basamos en la propuesta que personalmente nos ha realizado Robert Pocklington, según la qual procede del árabe andalusí al-qufayya, diminutivo de qafā 'nuca, cuello' (DictAndArabic, p. 436), con cierre de la vocal tónica por imela, documentada desde los primeros testimonios; con este sustantivo identificaría metafóricamente al cerro o collado en cuya falda se sitúa la localidad (cf. DicMadoz). Cierto es que Barceló (2010: 50) propone el andalusí al-ḫufayya ‘vallecito’, diminutivo de al-ḫafiyya ‘valle profundo’, un orónimo con el que se haría referencia a la zona en la que se ubica la población; por ejemplo, existe al norte de Siria un lugar llamado al-Ḫafiyya (Rousset et al., 2016: 158). Sin embargo, al-ḫafiyya significa propiamente ‘lugar escondido’ y no ‘valle’ (según todas las fuentes consultadas), lo que nos lleva a descartar la idea de Barceló por ubicarse la localidad en un terreno bajo y llano. 

Otras hipótesis también han planteado un origen árabe, pero a partir de étimos diferentes al anterior. Para algunos provendría del árabe alkufi (?), voz que designa un ‘capazo’ o una ‘hondonada’, en alusión a la localización actual de la población (Miguel_2015, p. 360), pero que no permite explicar la terminación de Alcofea. También se ha relacionado con la voz alfocea, aumentativo de alfoz ‘sembrado’o también ‘pago, arrabal’; esta idea tiene su origen en la confusión de Asín Palacios (AsinContrib, p. 127) al transcribir erróneamente Peralta de Alfocea y emparejarlo con Alfocea. Queda excluida también la hipótesis de Mascaray (2022), quien ve en este topónimo una composición ibérica de alka ‘avena silvestre’ y ophera ‘siega’, de manera que Alcofea significaría ‘la siega de la avena loca’; en este caso, resulta muy compleja la evolución desde estos dos componentes hasta el topónimo actual, así como muy extraña su motivación semántica. Por otra parte, tampoco está fundamentada documentalmente la explicación antroponímica a partir de *Alcofius (Miguel, 2020: 317-318).