Fue Hans Janner (1952), que sepamos, el primer autor que se ocupó del origen del apellido Góngora del conocido poeta y dramaturgo cordobés, que sin duda procede de la pequeña localidad del mismo nombre situada en el valle de Aranguren, limítrofe con la capital de Navarra. Según Janner, el étimo del topónimo es el latín conchŭla 'kleine Muschel, Näpfchen', diminutivo de conca «baskisch gonga = gonka = gongari mit den Bedeutungen 'medida de granos' (28 Liter) und  'robo' (Azkue)» (ibid., 27-28). Menciona también «das Gengenstück» Konkorra como topónimo –konkor, konkorra con el artículo, es un nombre común que significa 'chepa', 'joroba'– en la zona de Donostia, opuesto por la forma a 'cuenca'. Se decide, de todos modos, por conchŭla (ibid., 29): «Allerdings verläuft die bedeutungsgeschichtliche Linie, soviel ich sehe, anders als bei bask. kunkur».  

Mitxelena no dice nada de Góngora en la primera edición (1953) de su conocida obra Apellidos Vascos, y en la segunda (1955, entrada 286b), aunque incluye gonga, no menciona Gongora, y hay que esperar hasta la edición de 1973 para encontrar el topónimo (entrada 286b aquí también). Considera el lingüista guipuzcoano que puede estar relacionado con gonga, equivalente a gongari 'robo, medida de granos'. Menciona de paso a «Semen Gongaldeco alcalde duxue», es decir, 'alcalde de Uxue/Ujué' (N), con Gongalde (< gonga + alde 'hacia, en la parte de') en la base de Gongaldeco. Trae a colación también konka 'hueco' y 'paraje', y nos recuerda que la expresión cuenca (de Pamplona) «existe ya en el Fuero General de Navarra».

Menciona igualmente Mitxelena a Sancho Argonga (Dicastillo/Deikaztelu, 1218; Lacarra, 1965: 322) y el topónimo artajonés pieza de Argongueta, compuesto obviamente de harri 'piedra' más el mencionado gonga y el sufijo locativo-abundancial -eta, con la probable acepción original de 'lugar de la(s) piedra(s) cóncava(s)', 'la(s) piedra(s) hueca(s)', 'sitio del abrevadero de piedra', similar a Aizkanbela (< haitz 'peña' más ganbela 'pesebre', 'artesa') de Uxue/Ujué 'abrevadero en la roca', y al topónimo amescoano Arganbela (< harri 'piedra', 'peña' y ganbela). Véanse Salaberri (1994: 715-716), Jimeno y Salaberri (2018: 68).

Mitxelena, en un trabajo un poco anterior (1969: 18) a la tercera edición de AV, dice que Góngora se documenta «a menudo con inicial sorda» y que ha sido relacionado con latín concha; vuelve a mencionar a Sancho Argonga de Dicastillo y el topónimo Argongueta de Artajona, y añade (ibid., 54) que literalmente significan 'cuenca(s), cuenco(s) de piedra'. A decir verdad, no parece que Congora con velar sorda inicial sea muy frecuente en la documentación, aunque es lo que encontramos en los tres primeros testimonios. A propósito de la sonoridad o falta de ella, digamos que en Zirauki (N) se documenta Congueta en 1283 (Lacarra, 1965: 114), Congueta, Gongeta en 1573 (AGN, pr. de Zirauki, 2, M. de Iriarte), Gongueta en 1580 (ibid., 4), en la actualidad Konketa (NTEM 28: 51-52).

Corominas (1971, I: 20) no examina directamente el topónimo Góngora, pero cuando habla de la obra Cantabria Prerromana de A. Tovar, estima que «Concha (ibid. 16) de ninguna manera puede salir de CONIA  [...]; en cuanto a los Concha modernos, sólo pueden venir de una base CONCLA (o *COMPLA o *CONFLA); ¿por qué no partiríamos, en el caso de éstos, del CONCHULA conocido (en el sentido de 'cuenca chica' o en el de 'concha' u otros)?». Sobre la presencia y el significado de concha en la toponimia cántabra puede verse ahora González Rodríguez (1999: 134-135).

Hamlin (1997: 54), al comentar el trabajo de R. Aymard sobre la toponimia pirenaica, dice lo siguiente:

On peut reprocher à R. A., qui a tendence à suivre trop à la lettre sa catégorisation sémantique, de se tromper parfois dans une attributuion. Ainsi, le mot conque du vocabulaire général appartient en premier lieu à la terminologie marine; mais les noms de lieux Co(u)nques sont mal placés (ATP, p. 121) parmi les "poissons et divers", car conque prend régulièrement en toponymie le sens de 'creux, cirque naturel' (commme l'indiquent d'ailleurs les annotations de R. A. dans sa Toponymie pyrénéenne).

García Arias (2005: 639), cuando examina el topónimo Cuaña de Asturies, dice que procede de la palabra latina CONCHAM 'concha', 'objeto hecho de una concha', término que «explica la asturiana conca 'fuente, vasija de madera'». Añade que «la forma de la vasija favoreció que metafóricamente se haya aplicado al terreno; de ahí que se hable de la conca o cuenca aplicable a una 'hondonada', 'valle', 'depresión del terreno'».

Volviendo a Navarra, González Ollé (1987: 231-232) hace derivar, siguiendo a Janner (1952), el nombre Góngora de conchulam 'pequeña concha o cavidad' que «no ofrece dificultad alguna, pues responde al tratamiento vasco de los préstamos latinos: sonorización de la consonante sorda inicial; sonorización de la consonante sorda interior precedida de sonante; aunque no tan regular como los cambios anteriores, cae dentro de lo posible el trueque de l por r [...] e igualmente ocurre con la conservación o cambio de timbre de la vocal postónica [...]». Cree además el mencionado profesor (ibid., 232), tras haber visitado el lugar personalmente, que «la disposición topográfica de Góngora permite considerar válido, en cuanto al significado, el étimo conchulam».

Irigoien (1990: 193-194), en carta dirigida al profesor González Ollé tras las jornadas de onomástica celebradas en Estella-Lizarra (N), se muestra totalmente de acuerdo con la etimología conchula «diminutivo de la palabra griega concha» que el susodicho profesor, siguiendo a Janner, propone en el peuqeño artículo mencionado. En lo que hace a la segunda vocal del topónimo vasco, cree Irigoien que «estaríamos en su origen ante una forma de latín tardío», es decir, habría que proponer algo como *concola, aunque el que fuera académico vizcaíno no lo menciona expressis verbis. También Nieto (1997: 177) ve cŏnchŭla 'cuenquecilla' en la base del topónimo que estamos estudiando, dado que no hay dificultades fonéticas y existe el modelo toponímico correspondiente (Cuenca).

Para terminar, y a modo de resumen, podemos afirmar que no hay, por lo tanto, ninguna dificultad, sea esta topográfica, de evolución o semántica, para aceptar que Gongora ha salido de una forma anterior *concola, procedente del latín tardío como quiere Irigoien o fruto de asimilación vocálica progresiva a partir de conc(h)ula. La velar sorda inicial no se sonoriza en los tres primeros testimonios que conocemos de los ss. XI y XII, pero ya para el siglo XIII encontramos el topónimo escrito con velar sonora, como era de esperar, a pesar de que la alternancia sonora/sorda en posición inicial es bien conocida en euskera.