Cabezón de la Sal es un topónimo compuesto por dos sustantivos semánticamente transparentes. A pesar de que en algunas monografías se relaciona cabezón con la unidad de medida utilizada en época romana para el comercio de la sal, los datos corográficos apuntan al lat. CAPĬTIŌNE, derivado de CAPĬTIU 'cabeza', apelativo utilizado en sentido metafórico para nombrar una elevación del terreno. En este caso, el apelativo debe su nombre al Pico la Torre, una elevación de cima redondeada a cuyas faldas se sitúa el núcleo urbano y en donde se emplazó una torre de vigilancia en la Edad Media, de la que apenas se han encontrado restos. Además de custodiar las salinas del lugar, esta torre sirvió para proteger la encrucijada de caminos que confluían en Cabezón de la Sal.

El segundo componente del topónimo es el sustantivo sal (lat. SALE) que determina a Cabezón por medio de la preposición de. La sal era un ingrediente primordial en la dieta nutritiva de las personas y el principal condimento para la conservación de los alimentos. Por estas razones, las salinas fueron desde antiguo un bien de alto valor estratégico para las poblaciones. En el caso de Cabezón, las vinculaciones de este mineral con la futura villa se registran muy tempranamente. A comienzos del siglo IX se alude a los pozos para la extracción de la sal: "aqua moria que dicitur salsa", c. 817, CDCatedralOviedo 1, doc. 5, p. 19; "et in Capezone de illo puteo regali per omnes ebdomadas de toto circulo anni die lune tres pozales de aqua moria que dicitur salsa” (ibidem). En un documento de 1099 se mencionan expresamente sus pozos de sal: “et de parte salis putei de Capezón” (DCBurgos_1, doc. 67, pp. 130-131).

En la localidad la sal se extraía de unos pozos a los que afluía agua salada. En su origen, esta agua era dulce y brotaba de manantiales. Sin embargo, al fluir por paredes de sal gema, el agua se salinizaba hasta alcanzar una concentración de 300 gramos por litro. A diferencia del procedimiento utilizado en las salinas mediterráneas, el clima húmedo y lluvioso del Cantábrico impedía una desecación natural de la salmuera a través del calor solar. De manera que, para obtener la sal, había que hervir el agua salada o moria en unas calderas —llamadas tueras — situadas en unas chozas u ozinas, para lo cual se empleaba la leña seca recogida en los montes comunales. La extracción de la sal fue una de las principales actividades económicas de la localidad y una de sus fuentes tradicionales de riqueza a lo largo de la Edad Media y la Edad Moderna. En 1404 la renta que derivaba de su explotación ascendía a 12 000 maravedíes; en el año 1430 se elevó a los 38 000 maravedíes anuales. Los derechos de explotación de estas salinas correspondieron a la Abadía de Santillana hasta el año 1445, fecha en que se crea el Marquesado de Santillana, cuyo linaje arrendó los derechos sobre el pozo. En 1564 las salinas de Cabezón se incorporaron a la Corona, quedando su administración a cargo del Procurador General y de los regidores de la villa.

Las Ordenanzas de la Villa de Cabezón del año 1580 recogen numerosas disposiciones destinadas a regular la obtención de sal por parte de los vecinos, así como los detalles de esta labor (Pérez Bustamante, 1980). Tanto las tueras como las ozinas eran de propiedad individual, a excepción de una que era detentada por el concejo y regida por un procurador. Los turnos para el cocimiento o cochura se establecían de una manera muy rigurosa y solo podían sacar sal los vecinos de la villa que estuvieran en posesión de una licencia de sacador de la moria, estando prohibido trabajar en las salinas en domingos o fiestas de guardar. A mediados del siglo XIX Madoz todavía consignó la existencia de una "fábrica de sal a fuego" dentro de las actividades industriales del municipio (DicMadoz, s. v.).

Durante la Edad Media el topónimo se registra únicamente con el sustantivo base Capezone (c. 817), Capeçone (1098), Capezón (1099), Cabeçone (1122) o Cabeçón (1352) con palatalización regular de -TY-, que finalmente da lugar a la fricativa interdental sorda /θ/. En las menciones documentales más tempranas (siglos IX y XI) la consonante oclusiva intervocálica /-p-/ se mantiene todavía sin sonorizar (Capeçone , Capezón), en tanto que la sonorización está consolidada en el siglo XII (Cabeçone, Cabeçón). La agregación del adjunto preposicional de la Sal a la base nominal consta desde mediados del siglo XVIII y tiene su origen en las reformas territoriales emprendidas por la administración borbónica. En 1727, por ejemplo, la "Ordenanza para la unión de todos los distritos de la provincia de Cantabria, acordada en junta general celebrada en Santander", todavía registra la forma Cabezón formando parte de uno de los Nueve Valles junto a Cayón, Penagos, Villaescusa, Camargo, Piélagos, Reocín, Alfoz de Lloredo y Cabuérniga.