Tal y como se ha señalado más extensamente en la voz de esta misma obra Moraleja (Cáceres), la interpretación más prudente del topónimo es considerarlo un derivado colectivo en diminutivo de moral, es decir, incluirlo dentro del amplio grupo de los fitónimos. La derivación colectiva con el sufijo -ejo, -eja de especies vegetales es frecuente en la toponimia, como se observa en casos como Almendralejo, Carrascalejo, Esparragalejo, Rosalejo y Zarzalejo. La interpretación fitonímica de Moraleja es la defendida, entre otros, por CastañoFernández_2004 y Nieto Ballester (DicTopEsp, s. v. Mora). Los casos de Moraleja son abundantísimos en el conjunto de la toponimia en lengua española. Puede verse una amplia relación de topónimos iguales o estrechamente emparentados en la voz señalada Moraleja.

No es fácil, por el contrario, señalar algo seguro y preciso en torno al porqué del segundo elemento del compuesto.Obviamente, "de en medio" hace referencia a una situación central respecto de otros dos puntos. La documentación a nuestra disposición ya la denomina así desde fecha antigua y en esas fechas, comienzos del siglo XVI, hay referencias varias a la existencia de al menos otra Moraleja en las inmediaciones. Posiblemente la existencia de dos localidades del mismo nombre se debe al simple hecho de que una es prolongación, extensión, ampliación de la otra. Cuando esto sucede suele añadirse una formación diminutiva, derivando Cercedilla de Cerceda, por ejemplo. En algunos otros casos, como parece que ocurrió aquí, sin embargo las dos tienen el mismo nombre y se llama si acaso a una "la mayor" o "la menor".  Así pues, esta Moraleja de Enmedio parece haber estado entre otra Moraleja, que es denominada en algún documento Moraleja Mayor y un tercer punto de referencia, que puede haber sido otra población, un río o cualquier accidente geográfico.