Según Mogel (1854: 735), en la etapa que podemos llamar «precientífica», la acepción (original) del topónimo es 'mucho tronco enterrado': «Andu-ain.- Significa mucho tronco enterrado. Cuando se cortan por pié los árboles, quedan aun en tierra parte fuera y parte enterrados con sus raices algunos troncos, y á estos llamamos anduiac. De aquí la casa y apellido de Anduitza, del mismo significado que Anduain».

Mitxelena (AV, 51) considera, tras los pasos de Caro Baroja (1945: 84), que en Andoain (G) y en Anduiahin (1025, A, actual Andoin) haya que ver tal vez un antropónimo. Menéndez Pidal y Tovar (1962: 396) hacen derivar el topónimo Andoain de Antonianu.

También Gorrotxategi (1984: 139) cree que en la base de Andoain y de Anduiahin hay un nombre personal, e igualmente en Andelos (Mendigorria, N), pero no aclara si se trata del mismo antropónimo en los tres casos.

Vistos los testimonios documentales del nombre de la localidad de Gipuzkoa, se diría que la base es *Ahindo. Es sabido que en ocasiones surge una vocal palatal junto a una nasal en palabras del léxico común (en aingeru 'angel' por ejemplo; Mitxelena, FHV, 159), y también en algún topónimo como Ainhize (Baja Navarra / Nafarroa Beherea; Salaberri, 2005), y dado que en Navarra y en la Vasconia francesa encontramos el antropónimo medieval Anto, se podría pensar que Andoain procede de *Antoain ‘la propiedad de Anto'. De *Antoain no es difícil llegar a Andoain, Aindoain, pero la h medial que encontramos en los testimonios documentales queda sin explicación. Otra posibilidad es considerar que la base es el nombre personal no documentado *Ahindo, al que se le añadió el sufijo -ain que indicaba posesión.

Sin embargo, siguiendo la idea de Menéndez Pidal y Tovar (1962: 396), pensamos que lo más apropiado es partir del nombre Antonianus que aparece en más de una ocasión en la epigrafía latina (véase EDH), más exactamente, del genitivo Antoniani de aquel, de *(uīlla) antoniani ‘la propiedad de Antonianus’. Antes de continuar, para facilitar la explicación, tendremos que pensar que se produjo una disimilación de nasales: *(uīlla) Antoniani > *Antoiani. La evolución posterior sería la siguiente: *Antoiani > *Andojãɦ̃ĩ (con cambio nt > nd, habitual en euskera; del mismo modo, la nasal lenis se aspiró y se nasalizó, nasalizando al mismo tiempo las vocales adyacentes) > *Aindojãɦĩ (con desarrollo de la vocal palatal ante el grupo -nC- y pérdida de la nasalidad de la aspiración) > *Aindojahin (pérdida de la nasalidad de las vocales, tras el desarrollo de la consonante nasal final) > *Aindoahin (disimilación de palatales) > Ahindoain (con paso de la aspiración a la segunda sílaba, ya que, a partir de cierta época, no podía ir más a la derecha de dicha sílaba) > Aindoain (con pérdida de la aspiración, habitual a partir de un tiempo) > Andoain (con disimilación de palatales i – i > ø – i, para 1614).

Tendríamos el mismo resultado y evolución similar si pensáramos que no ha habido disimilación de nasales sino haplología: *(uīlla) Antoniani > *Antoani > *Andoãɦ̃ĩ > *Aindoãɦĩ > *Aindoahin > Ahindoain > Aindoain > Andoain. Para más detalles véase Salaberri y Zaldua (2019: 53-55).