Mitxelena (AV, 122) ve azko(i)n 'tejón' en Azcona y otros ónimos, y añade «cf. top. Tajonar (Navarra, Taisonare, Taxonare, siglos XI-XII)». En un trabajo posterior (1971: 259), al analizar Tirapu, considera que Tajonar es un «préstamo transparente».

Dejando a un lado la etimología de Azcona (de un anterior Aizcona, en euskera Aizkoa), está claro que el étimo tanto de la variante romance Tajonar como el de la forma vasca Taxoare es Taxonare, testimonio más antiguo, a pesar de que ya para el s. XII se documenta la forma romance que ha experimentado la caída de la vocal final (Tassonar, 1141), la cual se impone en dicha lengua para el siglo XIII, según los testimonios documentales.

En euskera, en cambio, la -e final se conserva, pero cae la nasal lenis en posición intervocálica, como era habitual, y se mantiene la prepalatal fricativa sorda /ʃ/ que en castellano a partir de cierta época se velariza y convierte en /x/. El primer testimonio de uso de <j> es de 1705, aunque el proceso de velarización en la lengua oficial se habría cumplido antes.

El significado inicial de Taxonare > Taxoare / Tajonar es claro: se trata del lugar en el que hay tejones, similar al microtopónimo Taxoneras de Guillué (Huesca; Elcock, 1949: 112) y equivalente de los habituales microtopónimos vascos Azkonartokieta, Azkondegi, Azkonegi, Azkoneta 'sitio de tejones', Azkonobia '(la) madriguera de tejones', Azkonobieta, Azkonxiloeta, Azkontzuloeta, Azkonarzuloeta 'el lugar donde hay madriguera(s) de tejones', etc.

Corominas y Pascual (DCECH, 1991) dicen que tejón procede del latín tardío TAXO, -ŌNIS, préstamo del germánico, y citan las variantes tasugo y tajugo de Soria, Burgos y Ávila. Añaden que en Hecho se dice ya taxón o tajón –taxón según Saura (2000: 32)–, el primero con una fricativa prepalatal sorda, que es exactamente lo que necesitamos para explicar Taxonare, que en principio no sería sino un compuesto del mencionado taxon 'tejón' y el sufijo colectivo -ar (de -are, y este a su vez de -ale; véase Bastardas, 1994: 235 y ss.), con el significado original ya expuesto de 'lugar de tejones', como Aguilar (N) es 'sitio de águilas', por ejemplo.

No obstante, es posible, en nuestra opinión, que Taxonare fuera un préstamo que se tomó «entero», es decir, sin analizar en base y sufijo, de la misma manera, por ejemplo, que Eskobarea, microtopónimo en un tiempo de Ujué / Uxue (Salaberri, 1994: 804-805), equivalente a El Escobar de la vecina localidad de Santacara, con una -e típica en un tiempo de los préstamos tomados del romance (amore, kolore...). La versión vasca de El Escobar es habitual en toponimia vasca, y la encontramos, valga el caso, en Utsaskieta de Sada / Zare (N), con *utsa(t)s 'isats', 'itsats' 'escobizo', 'retama' como base. Otro ejemplo, sin salir de Ujué / Uxue, es Boxagarea, Buxagarea (Salaberri, 1994: 754-755), equivalente a El Busagar, El Buxagar, El Bujagar de la cercana localidad de Aibar / Oibar (N), colectivo de boj y sinónimo del extendido Ezpeldia, Ezpeldoia, Ezpelduia vasco, de ezpel 'boj'.

En lo que concierne a la variante del topónimo empleada en euskera, se aprecia en los testimonios documentales que ya para principios del siglo XVIII se había producido la asimilación y posterior reducción del grupo -oa- resultante de la caída de la nasal lenis (-ona- > -oa-) a -o-, es decir, el topónimo había experimentado la siguiente evolución: Taxonare > Taxoare > *Taxoore > Taxore. Esto es probablemente debido al acento, a que este topónimo, como otros muchos (cfr. Biótzali > Bigüézal / Biotzari o Larráhona > Larráona > Larraóna / *Larráhoa > Larrág[w]a, ambos en Navarra), era proparoxítono: Taxónare > Taxónar > Tajonár / Taxóare > *Taxóore > Taxóre. En este caso, como en el citado de Larráona > Larraóna, se habrá producido una acomodación de la forma empleada en castellano al modelo más extendido en este idioma, con cambio del lugar del acento.

Para terminar, queremos señalar que en 1757, en la vecina localidad de Noáin, se documenta la variante Daxoare en el microtopónimo Dasoare aguerria 'el lugar desde el que se ve (por primera vez) Tajonar' –téngase en cuenta que la visibilidad entre las dos poblaciones está obstaculizada por la pequeña sierra llamada Bizkaia que las separa–, con dental sonora nada extraña en posición inicial de palabra, pero que no se impuso de ningún modo, ya que solo se documenta, que sepamos, en el año señalado.