Albertos (1970: 180) ve una raíz hidronímica indoeuropea en Arceniega, «pueblo y arroyo». El sufijo es, según la mencionada investigadora, -eco- (sic), «similar al que tenemos en los adjetivos toponímicos cántabros pasiego, labaniego, en topónimos como Noriega, Sariego, Tellego». En el mismo trabajo, un poco más adelante (p. 190), cuando examina Lanciego y otros topónimos, dice que «el sufijo -eco-, tiene el tratamiento cántabro -iego, señalado a propósito de Arceniega, y otros». En la observaciones finales (p. 217) y siguiendo a Tovar (1955: 32), señala Albertos «que (en Álava) hay varios testimonios del sufijo -eko- que como en la región cántabra evoluciona a -iego: Arceniega, Lanciego, Samaniego, etc.».

Horch (1992: 100-101) recoge las opiniones de los autores anteriores, y menciona el nombre personal Arcenius o Arcinius de Holder –Solin y Salomies (1988: 22) traen Arquinius, que puede valer, si se piensa que la semiconsonante labiovelar desapareció a partir de cierta época–, el cual podría en nuestra opinión estar en la base del topónimo, es decir, podríamos partir de *(uīlla) Arcenica con palatalización y subsecuente asibilación de la velar sorda ante e (Alarcos, 1991: 235 y ss., Lloyd, 1993: 224-229, 413-421), con la siguiente evolución: *(uīlla) Arcenica > *Artzenica > *Artzenéga (asimilación vocálica y sonorización romance de la velar sorda en posición intervocálica; cfr. Cábrega, Elciego, etc.) > Artzenjéga (con diptongación romance de la supuesta e) > Arceniega (con paso del sonido africado dental a fricativa interdental) > Arciniega (por asimilación vocálica). Para dar por buena esta explicación tendríamos que aceptar que el acento iba en la penúltima, como en la actualidad en Gernika, Sondika y otros.

En Salaberri (2011: 152) propusimos partir de Arsenius, pero para llegar a las formas históricas y actuales del topónimo necesitábamos pensar en una forma híbrida o mixta, con influencias del euskera y romance (en este de Arse- habría salido Ase-), hecho por otro lado nada extraño en una región como Araba (cfr. por ejemplo Audícana o Llodio). De todas maneras, el nombre o la variante que (más) se documenta es Arsin(i)us, no Arsenius.