El topónimo se integra en una serie, relativamente amplia, de topónimos que muestran formas Boad- Bovad- Bobad- a las que se añade el sufijo de diminutivo. Al añadirse el sufijo de diminutivo y no poder precisarse el lugar originario del acento en su base no es fácil decidirse entre dos posibilidades, entre dos étimos de origen, (1) el germánico *BÛWITHA, que hemos aplicado en el caso del topónimo Bóveda de la Ribera o (2) el latino-romance teórico *BŎVĀTA, "dehesa boyal", "lugar de pasto de bueyes", quizá también "superficie que puede arar una yugada de bueyes" en un día. El primer sustantivo, del lenguaje técnico de la arquitectura, como es sabido, tiene un significado básico de "obra de fábrica arqueada, que sirve para cubrir el espacio entre dos apoyos y forma el techo o la cubierta de una construcción", según definición actual del DRAE. Es obvio señalar que a partir de este uso técnico y concreto se pudo a pasar a la designación, en un significado más amplio, de cualquier construcción con arcos, de una cripta, etc.  Incluso cabe la aplicación metafórica, por supuesto, para la descripción orográfica. Desde antiguo aparece en castellano una variante del vocalismo bovada, boveda. Tanto en un caso como en el otro se habría producido en muchos casos, aunque no en todos, posteriormente la desarticulación de la consonante intervocálica. Así pues, se señala abajo los dos étimos como posibles. O bien se trata, pues, de una referencia arquitectónica o bien una referencia ganadera, digámoslo así. La abundancia de casos de Boadilla, Bobadilla puede indicar que no en todos los casos estamos ante orígenes independientes, sino que puede haber habido traslados toponímicos o antroponímicos. Igual sucede con el diminutivo, que puede ser en algunos casos diminutivo de traslado de forma ya toponímica. A partir de Bóveda, Bovada, Bobada se ha producido entonces un derivado del topónimo por su dependencia o por ser traslado de la población, no tantro por tratarse de una bóveda pequeña o una dehesa boyal pequeña. 

Evidentemente el segundo elemento se ha añadido, desde antiguo, por la existencia de otras localidades del mismo nombre. El río que pasa por el municipio es llamado actualmente  Sequillo, que parece un diminutivo secundario a partir, precisamente, del nombre de la población, lo que es frecuente. En este caso, con todo, se da la circunstancia de que el nombre antiguo del río "seco" ha dado, en parte, nombre a la población y luego el nombre de la población ha dado lugar al cambio de "seco" por "sequillo".