El origen del nombre aparece diáfano en la obra de Juan Carrasco (1973: 559) en la que se lee claramente val de Santesteuan de ius la peyna (año 1366). Parece que la peña que ha dado nombre al valle es Arriaundi 'peña grande', situada en la muga entre Larunbe (Gulibar / Itza), Osinaga y Otsakar (Juslapeña / Txulapain), debajo del antiguo monasterio de Santesteban del que quedan las ruinas en la cumbre del monte, justo encima de Arriaundi.

Se trata pues de un topónimo de origen romance cuyos componentes son jus-, el artículo femenino la y el nombre común peña. El primero procede, como se ve en el citado testimonio del s. XIV, de ius (yus) que es, a su vez, fruto de la evolución del latín vulgar jusum, de un anterior josum, con origen en deorsum 'hacia abajo', opuesto a suso (de sursum > susum 'hacia arriba') presente este último en el nombre Berriosuso de una localidad cercana al valle de Juslapeña, Berriogoiti en euskera, que hace juego con Berrioplano, pueblo de la misma cendea (Antsoain), en lengua vasca Berriobeiti, complementados ambos por Berriozar 'Berrio viejo', nombre de otra localidad cercana utilizado en ambas lenguas. Así pues, Juslapeña significaba en origen '(lo de) debajo de la peña', lo mismo que el documental Jus la Rocha de Pamplona / Iruñea (Ciérbide y Ramos, 1997: 195 y 199) quiere decir 'debajo de la roca', en lengua vasca Arrotxapea (véase Jimeno Jurío y Salaberri, 2006: 123 y ss.), barrio de la capital.

Es claro que la pronunciación inicial del grafema <j> ha sido históricamente [ɟ], lo que hoy en castellano escribiríamos yus (como yuso), y que tras pasar por una etapa [ʃ], finalmente se habrá velarizado y convertido en [x]. Es decir, la evolución del nombre romance habrá sido Yuslapeña > *[ʃ]uslapeña > Juslapeña, como en las palabras del léxico común de esta lengua (cfr. latín iuvene > castellano joven).

Por otro lado, la forma yus es habitual en los documentos reales en romance navarro en posición proclítica (Pérez-Salazar, 1995: 85). Cfr., por ejemplo: «...e otra pieça de jus el mont» (Urbe, Zirauki, 1248; Martín González, 1987: 162), «vna pieça de terra que nos auemos en Maia, de jus la penna» (Amaiur, 1248, ibid., 167), Santa Maria dejus lo castel, Santa Maria Jus el Castillo (s. XIII, Ciérbide y Ramos, 1996: IV), «jus la dita villa de Tafailla» (Tafalla, 1341; Ciérbide y Ramos, 2001: 38). Como se puede ver, jus se empleaba también en la documentación navarra escrita en occitano, además de juson, opuesto a suson: Arroquieta Juson y Arroquieta suson, casas de Altzieta / Alciette (BN) en 1366 (Carrasco, 1973: 677), con segundos elementos similares a los de Elguebehere y Elguegaray (behere 'bajo, de abajo' y garai 'alta, de arriba'; Aintzila/Aincille, BN, ibid.). Encontramos yus también en posición no proclítica: «Peyta de Mutiloa de Sus et de Jus» (1259, García Arancón, 2000: 40), actuales Mutilva Baja / Mutiloabeiti y Mutilva Alta / Mutiloagoiti, localidades que al presente se han unido en un único ayuntamiento (Mutilva / Mutiloa).

 La evolución -sl- > -l- en euskera es habitual, por la fonotáctica (combinaciones posibles de sonidos) de esta lengua, dado que el grupo -sl- no es habitual en ella (cfr. irla < isla; véase FHV, 351-352). La vocal final -a ha caído en posición postónica, tras el acento, como ocurre, por ejemplo, con el oxítono Viscarret, variante empleada en romance para designar la localidad de Gerendiain (Erroibar, N), documentado también como Vizcarret, Vixcarret, etc. y procedente de un anterior *Bizkarreta, compuesto de bizkar 'espalda' y el sufijo locativo-abundancial -eta. Como puede verse, la -a final ha desaparecido, y no es este un fenómeno moderno, porque se documenta ya para 1214.

Volviendo al nombre que nos ocupa, parece que de una forma *[ʃ]ulapeñ ha surgido, en euskera, una variante despalatalizada *[ʃ]ulapein, por la escasez de finales en -eñ y quizás también por analogía con palabras como gain 'encim(er)a', 'alto', gaña con el artículo, declinada gañean 'encima', gañetik 'de encima, de arriba', etc. El sonido fricativo prepalatal sordo se habrá africado (*Xulapein > Txulapein), dado que en esta zona las palabras con sibilante palatal inicial, cuando no eran expresivas y procedían de otra sibilante dorsoalveolar, solían comenzar por africada (cfr. txori 'pájaro', no xori, por ejemplo, de zori al parecer, hoy en día 'suerte').

No obstante, es un valle próximo a la zona en la que se ha hablado el subdialecto denominado hego-nafarrera o navarro meridional (véase Camino, 2003: XVI, 152), en el que las palabras que empezaban originariamente por [ɟ] han evolucionado a [ʃ] (xarri 'jarri', 'sentarse', xo 'jo' 'pegar', xosi 'josi' 'coser', xautsi, xaitsi 'jaitsi' 'bajar', etc. Vide Ondarra, 1982: 156-157), y aunque en esos casos se ha recogido [ɟ] en Juslapeña y Ezkabarte, «parece que en el Txulapain de principios del s. XX» se empleaba el sonido fricativo prepalatal sordo (Camino, 2003: 69). En Beorburu, localidad del valle, se documenta Lixauzi, sin duda de lu(r) + jauzi, es decir, 'luizia', 'erortza', 'lugar donde el terreno se ha corrido', con evolución [ɟ] > [ʃ] (escrito x).

Por otro lado, en el texto de Nuin (Txulapain; Ondarra, 1982b) de hacia 1826 tenemos jaquin, con <j> que representa tal vez una fricativa velar sorda, y en la grabación que Koldo Artola hizo a Urbana Aginaga de Usi (Txulapain) en 1980 (la recoge Camino, 2003: 246) leemos «egunóro yatagún platéra», es decir, 'egunero jaten dugun platera', 'el plato que comemos todos los días', con una oclusiva palatal sonora. En un artículo de 1992 Artola recoge (pp. 198, 217) yoáin diré 'joanen dira' '(se) irán', yénde áundie 'jende handia', 'mucha gente' de boca de Esteban Garbizu de Beorburu (Txulapain), con oclusiva palatal sonora inicial, pero joáin diré, con fricativa velar sorda en posición inicial, de labios de Urbana Aginaga, de Usi, en el mismo valle.

Teniendo en cuenta lo dicho hasta aquí, de iuslapeña esperaríamos en euskera *[ɟ]ulapein, *[ɟ]ulapain o tal vez *[x]ulapein, *[x]ulapain. La forma *[ʃ]ulapain origen de [tʃ]ulapain será fruto de la evolución vasca [ɟ] > [ʃ] mencionada de la zona central de Navarra, aunque no se puede descartar tampoco la influencia que la forma romance, que sin duda pasó por una fase con [ʃ] inicial, ha podido tener en la vasca, surgida a fin de cuentas de aquella.

La variante oral Txulapein puede deberse a analogía, es decir, a la influencia de pares como xakur – txakur o xilko (Beorburu y Usi) - txilko a partir de zakur 'perro' y zilko 'ombligo', o más probablemente a la rareza in situ y en el valle de Atetz (al que correspondía el dato recogido en Euskaltzaindia, 1990: 141) de x- (/ʃ/) fuera de palabras expresivas. Es decir, lo habitual sería tx- ([tʃ]) en inicial de palabra, por lo que la forma *Xulapein, *Xulapain se habrá convertido en Txulapein, Txulapain, por adecuación al modelo de pronunciación habitual, a partir de cierta época al menos, en el valle.

La forma Txulapain, con -ai-, se deberá a la conocida tendencia de las hablas vascas de los alrededores de Pamplona/Iruñea a abrir el diptongo -ei- [ei̯] y convertirlo en -ai- [ai̯]. Hay por ejemplo ogai 'hogei', 'veinte' en el vía crucis de Ibero (Arraiza, 1988: 147) o, sin salir de Juslapeña, errátaizút < *errateizut < erraten dizut 'te digo' (Artola, 1992: 216) en Beorburu (véase Salaberri, 2002: 193), si bien dicha apertura no era habitual en el valle según Camino (2003: 85). No obstante, debemos recordar que las formas recogidas en Beuntza (Atetz, N) son Txulapein y Txulapain, la primera con -ei- como puede verse, que puede obedecer a la tendencia, opuesta a la anterior, de cerrar el diptongo ai en ei (tendencia también común en la zona; véase Salaberri, 2002: 194 y Camino, 2003: 86), pero que puede ser, igualmente, la forma original del nombre.