Águeda tem provavelmente origem pré-latina, mas não é segura a sua relação com o indo-europeu e, portanto, é possível que o potamónimo se inscreva num substrato pré-indo-europeu.

Se Águeda provém de um fundo indo-europeu pré-latino, é nome relacionável com o latim aqua, não diretamente, mas talvez por via de um cognato da raiz indo-europeia *ak^u̯ā- ‘água, rio’ (cf. IEW e Moreira_1967 p. 54). Contudo, na perspetiva da hipótese do europeu antigo, Hoz_1963 (p. 230) inclui o rio português bem como o seu homónimo salmantino (o Águeda, que serve de fronteira com Portugal) numa série hidronímica europeia que Un_Krahe (p. 54 e 62) filia na raiz *ag̑- 'conduzir, agitar', presente no verbo latim AGŌ ‘conduzir’: Aga (Letonia) ou o Eger < Agara 805, afl. do Elba, entre outros (ver também IEW e Bascuas_Hidron2014, p. 125). Sendo assim, não é de descartar a possibilidade de Águeda remontar a uma forma pré-latina *Agăta, hipótese que se tornaria plausível atendendo a que, nas atestações medievais de Águeda predominam as formas em ag- sobre as variantes  em ak- ou akk- (cf. Moreira_1967, p. 57), permitindo supor que esta últimas se deveram a interferência do latim aqua, com oclusiva velar surda. É possível até postular desde a época pré-latina uma oclusiva velar vozeada, e não uma surda, se se considerar que geralmente o -g- intervocálico latino se manteve no galego-português, quando seguido de uma vogal [+recuada]: PLĀGA- > chaga; mas LĒGE- > lei, porque a vogal é [-recuada] (contudo *VAGATIVU > vaadio > vadio, com supressão de um -g- entre vogais [+recuadas] – cf. Williams_1961 (p. 78), Huber_1989.

Quanto à sequência -eda de Águeda, também esta procederá de morfologia pré-latina, em cuja análise importa salientar a passagem de vogal baixa [a] postónica a vogal [-recuada] (Agata ou Agada > Águeda). A elevação da vogal parece dever-se à posição em sílaba átona, fenómeno recorrente na descrição do português: *MANIANA > menhã, var. de manhã; PANARIA > peneira (cf. Nunes_1989, p. 60/61, que também regista a situação inversa: serrar > çarrar; SECRETU > sagredo). A respeito da diacronia de -ada < -ata, Bascuas_Hidron2002 (p. 30) assinala a frequência significativa, na hidronímia pré-latina, do sufixo -t, ainda que num contexto concreto, precedido de -n ou seguido de semivogal anterior alta (iode), o que, observe-se, não é o caso de -ata.  Guerra_1998 (p. 727) igualmente salienta a frequência do sufixo -t- na onomástica lusitana, muito embora também sublinhe a sua escassez na toponímia correspondente, o que torna mais notável o potamónimo em apreço, situado no norte da antiga Lusitânia. Neste contexto, levantam-se, portanto, dúvidas quanto à indo-europeidade de Águeda, podendo propor-se como hipóteses que este potamónimo encontra explicação num estrato pré-indo-europeu (Carlos Búa, comunicação pessoal).

No DOELP sugere-se que o nome evoluiu do latim eclesiástico Agătha – por sua vez, adaptação do grego Ágathé –, do qual derivam também os antropónimos Ágata e Águeda, que ocorrem em hagiónimos e deram origem a topónimos (p. ex. Santa Águeda, em Lousada, distrito do Porto, e Sernacelhe, distrito de Viseu). Esta hipótese carece de dados capazes de explicar como de um antropónimo feminino se originou o potamónimo em apreço. Também não tem fundamento a tese de Fernandes (1943), segundo a qual Águeda evoluiu de Anegia, topónimo que hoje se aceita corresponder a Eja, no concelho de Penafiel (cf. Fernandes 1999, s. v. Eia). Quanto a Águeda, que ocorre como orónimo, denominando elevações (nos concelhos de Silves, Tavira e Alcoutim), não há dados que permitam supor cognação com os potamónimos aqui comentados.