Mitxelena (AV, 142), cuando analiza be(h)ere, bere 'parte inferior', dice que hay «una variante quizá en Vera (Bera), cf. vizcaíno bera 'lugar bajo'». Coromines, en el conocido diccionario (entrada vera), explica que las tres poblaciones antiguas de España llamadas Vera (Vera de Almería, Vera de Bidasoa en Navarra y Vera del Moncayo, en la provincia de Zaragoza) están situadas junto a un río y que proceden de vera 'orilla', término de origen prerromano salido en última instancia de una raíz indoeuropea BHER- 'canto', 'borde', 'punta'.

Caro Baroja (1971: 201, nota 33), al analizar la etimología de Vera (Navarra), dice que «en textos muy antiguos se registra como antropónimo, aunque no en la zona». En la misma obra, más adelante (p. 376), estima que «pensar que Bera, es, simplemente, algo bajo, o en lo bajo, es cosa sencilla» y añade, citando el AV de Mitxelena (entrada 149, en la que este autor habla de bera-, en relación unas veces con los antropónimos Bela, Belaco y Berasco [entrada 147] y otras con bel(h)ar, berar 'hierba'), que «hay muchos compuestos de bera-, relacionados con bere. Mas no hay que perder de vista que Vera ha sido nombre personal en la Edad Media remota: también Beraxa que compone varios nombres de lugar navarros». En nota al pie señala Caro Baroja que también hay nombre personal Veranus.

En un trabajo posterior, se ocupa Caro Baroja (1981: 19) de los topónimos Veranue, Veranui y dice que «la base Vera como nombre propio masculino es conocida en la onomástica medieval» y en una nota al pie aclara que «hay Vera, como nombre de un obispo, y Bera, primer gobernador de Barcelona, removido en 820».

Nieto (1997: 358-359), cuando estudia el topónimo Vera almeriense, considera que «se puede establecer con seguridad su correspondencia con la ciudad de Baria, citada por el Anónimo de Rávena, Cicerón, Plinio, Ptolomeo, etc.». En lo que respecta a Vera de Bidasoa, cree que «a pesar de la aparente identidad formal (en la forma castellanizada) con el topónimo almeriense anterior, parece que debe descartarse cualquier relación» con aquel, y cree que «muy probablemente se trata de un término plenamente vasco bera, "lugar bajo", en relación con bere o behere 'parte inferior'».

García Sánchez (2015: 237-238) menciona las explicaciones de Mitxelena (behere, bere 'parte inferior') y la antroponímica de Caro Baroja, pero concluye que «sin embargo, ninguna de esas dos hipótesis se apoya en datos fehacientes, por lo que no es en modo alguno descartable que, en realidad, haga referencia a la orilla del río –Bidasoa en este caso–, como así también creía Corominas».

Nosotros pensamos, siguiendo a Caro Baroja, que la explicación más acertada es la antroponímica, en primer lugar porque, como dice este autor, Vera en un nombre personal bien documentado en la antroponimia medieval, y también en la antigua (Solin y Salomies, 1988: 203; Abascal, 1994: 78, 144, 183, 185, 186, 218; Grupo Mérida, 2003: 339; EDH), incluso en Navarra, al contrario de lo que creía Caro Baroja (Eslaba / Eslava, N; en Zaragoza tenemos Sempronio Vero, HE).

En segundo lugar, la situación geográfica y lingüística de la localidad –es de habla vasca– desaconseja ver el término castellano vera en la base del topónimo, especialmente porque dicho término no se emplea en el castellano de la Comunidad Foral en la actualidad, y es dudoso que se haya empleado antiguamente, sobre todo en la zona norte.

En tercer lugar, sin salir de Navarra, tenemos Beroitz en Itzagaondoa (véase Salaberri y Salaberri, 2020: 6, 9, 11, 12 y especialmente 16), que sin duda está basado en el mismo nombre personal que Bera (vide infra).

En cuarto lugar, el río Bidasoa no pasa por el centro de la localidad, sino por el barrio llamado Zalain, y, por lo tanto, y en contra de lo que se ha dicho, es difícil que la denominación de la población se debiera a estar a orillas del Bidasoa, pues no lo está. Es cierto, sin embargo, que por la localidad pasa el arroyo llamado Zia que viene de Altzate, pero es dudoso que este haya determinado la denominación del pueblo, aunque no es imposible, claro.

Por último, la pronunciación in situ (Bortzerriak / Cinco Villas, Malerreka, etc.) oxítona del topónimo (Berá) aboga por la explicación antroponímica que proponemos, en la que la vocal acentuada será el resultado de la contracción de dos vocales anteriores: compárese con suletino, roncalés alhába, alába 'hija' vs. alhabá, alabá 'la hija', esta segunda forma de al(h)aba más artículo -a.

A nuestro parecer, como ya señalamos anteriormente (Salaberri, 2012: 166), estamos ante una *(uīlla) Verana 'la tierra, la propiedad de un señor llamado Verus', de donde, por evolución eusquérica regular habrá salido *Berãɦ̃ã primero, *Beráa tras la pérdida de la aspiración (y de la nasalidad de las vocales) y, por último, Berá, con contracción de las dos vocales iguales. Compárese, por ejemplo, con Subillana > Subijana (castellano) / Subilla (euskera), en Araba / Álava. El mencionado Beroitz de Itzagaondoa, cognado de Bera, procede de un *(fundus) veronis 'el fundo, la finca de Verus o Vero', con evolución regular dentro del euskera: pérdida de la nasal lenis en posición intervocálica y fortitio de la sibilante final, que se africa, como en corpus > gorputz 'cuerpo', valga el caso.