Se trata de un ejemplo más de los muchos existentes en la toponimia española del término árabe múnya, "huerto", "campo cultivado". En este caso lo encontramos con el artículo aglutinado. Se ha dudado mucho tiempo entre la consonante de dicho artículo, que a veces aparece como /l/, a veces como /r/, cosa que sucede en otras adaptaciones del artículo árabe. La forma finalmente ha quedado establecida oficialmente con /r/, Armuña. La población se asienta en la vega del río Tajuña, afluente del Jarama y subafluente, pues, del Tajo: De ahí procede el segundo elemento del topónimo, añadido para diferenciar esta Armuña de otras existentes en territorio español. Ello tuvo lugar por Real Decreto, en 1916, a propuesta de la Real Sociedad Geográfica.