Boquiñeni proviene del nombre latino BUCCONIUS derivado mediante el sufijo -ANĬCUS [< -ĀN(U) + ĬCU], a partir de la construcción *(AGER, FŬNDU) BŬCCONIĀNĬCU ‘campo o granja de Bucconio’. De acuerdo con lo anterior, el topónimo designa una villa o propiedad situada junto al río Ebro, identificada por el nombre de su poseedor o propietario.

En la evolución vocálica, la primera vocal átona sigue un cambio regular: /ŭ/ > /o/. La segunda vocal átona, por armonía vocálica influida por el árabe andalusí, modifica su timbre de /o/ > /i/, debido a la tendencia de este dialecto a asimilar las vocales átonas a la acentuada. Finalmente, la imela —como ya señaló Meyer-Lübke (Meyer_1925, 537)— explica la transformación de la vocal tónica /á/ > /é/, resultando en formas como *Bukunyánik > *Bukinyénik en árabe. En lo que respecta al consonantismo, se produce la palatalización de -NY- > /ɲ/, representada en documentos antiguos mediante dígrafos como ng, nn, ny o ni. Además, la apócope sitúa la oclusiva velar sorda /k/ en posición final, reflejada en grafías variadas (-ech, -ic, -ich, -eg, -it), que empiezan a desaparecer a partir de la segunda mitad del siglo XIV. Desde entonces, predomina la forma apocopada Boquignen. La variante Boquiñeni, con la vocal final /-i/, coexiste con la anterior entre los siglos XVI y XVIII, consolidándose definitivamente a mediados del siglo XIX (Almau, 2012, 595). En resumen, los principales estadios evolutivos del topónimo son: *BŬCCONIĀNĬCU > ár. *Bukunyánik > ár. *Bukinyénik > Boquignenech (1128) > Boquignen (1488) > Boquiñeni (1646).

Tanto Meyer-Lübke (Meyer_1925, 537) como Menéndez Pidal (PidalTopPrerr, 126) fijaron el origen del topónimo en un antropónimo latino. El primero propuso BUCCINIUS, que dio como “no testimoniado”, y lo relacionó con BUCCONIUS. Sin embargo, este nombre latino hubiera producido un resultado palatal /ky/ > / tʃ/ del tipo *Buchiñeni. El segundo planteó nombres como BUCANIUS, BUCONIUS o BUCUNIANO y reconstruyó la forma primitiva *Bocaiñeni. Posteriormente otros autores han agregado otros posibles nombres como BUCCO, BUCCIO o BUCCIONIUS (Miguel_2015, 126). Todas estas explicaciones se fundamentan en el resultado actual Boquiñeni y no han tenido en cuenta la información lingüística que reportan las formas medievales, en especial, todo lo que concierne a la terminación final -ech (o sus variantes).

Asín propuso explicar el topónimo a partir de “Abū Kinānī, nombre propio de persona” (AsinContrib, 96), repitiéndose esta interpretación en estudios posteriores (Giménez_1991, 31). Esta hipótesis ofrece varios reparos. En primer lugar, la terminación -ĬCU > antiguo -ech, -ic, ich, -eg, -it es incompatible con esta etimología árabe. En segundo lugar, y si bien algunos procesos del árabe andalusí son concordantes con algunos resultados de Boquiñeni (la evolución del nominativo Abū > Bo-; el cambio de la vocal acentuada /á/ > /é/ por la imela: *Abū Kināni > *Bokineni), queda sin explicación el paso de la nasal alveolar árabe /n/ a la palatal nasal romance /ɲ/ (*Bokineni > *Bokiñeni). Entre los cambios fonéticos del árabe al romance esa palatalización solo se documenta —y no en todos los casos— en el grupo consonántico árabe [n-n]. No palataliza, en cambio, en el topónimo Benicanena (despoblado de Gandía, Valencia), cuya etimología sí procede de esta misma familia árabe (OnCat, III, 236-237, s. v. Canena, Beni-). En tercer lugar, y en lo que se refiere al linaje familiar, Terés señala que “la casa de los Banū Kināna, en al-Andalus, es Algeciras y Sidonia” (Terés_1991, 90). Los descendientes de este linaje también se documentan en Toledo, Jaén, Granada y en la zona levantina, siendo muy numerosos los Kināníes en Valencia. No está acreditada, sin embargo, su presencia en el valle del Ebro.

Conviene aclarar, por último, que uno de los caminos del Itinerario de Antonino (s. III) —en concreto, la via XXVII, “Ab Asturica per Cantabriam Caesaraugustam”— menciona la mansión de Caravi entre Turiasone (Tarazona) y Caesaraugusta (Zaragoza), lo que dio pie a que algunos historiadores de la Edad Moderna identificaran Caravi con Boquiñeni y, de paso, situaran en este municipio la ceca ibérica de Karaues. Estas identificaciones se basan en meras similitudes fonéticas y no se han hallado evidencias que permitan confirmarlas.