San Millán de la Cogolla, sito en la depresión del Ebro a la izquierda del río Cárdenas (afluente del Najerilla),  a 728 metros sobre el nivel mar, dista de Logroño  43,2  km. Confina al norte con Berceo, al este con Badarán, al sur con Viniegra y la oeste con Ollora y Pazuengos.

Tiene su origen en San Millán de Suso, en la cueva donde vivió durante 40 años San Millán, oriundo de Berceo y discípulo de San Félix, que murió el año 574 d. C. En torno a su sepulcro se desarrolló un cenobio visigodo. Allí se conservaba el arca que, según narra Govantes (DicGovantes), conserva la inscripción Munius scriba, politor.

La iglesia de San Millán fue quemada por Almanzor en 1002. Se carece de documentación entre 997 y 1010, momento en que se reanuda bajo el mismo abad, Ferrucio, y el rey Sancho el Mayor.

Según cuenta Madoz (DicMadoz, s.v. Millán de la Cogolla, San), el rey de Pamplona, García Sánchez III decidió trasladar el arca a Nájera en 1053. Tiraban dos bueyes y bajaron hasta la hospedería que había en este valle a la falda de la montaña, pero de allí no los pudieron mover aunque añadieron otro par de bueyes. Por ello el rey mandó levantar allí mismo un monasterio, que tardó 14 años en construirse, de modo que en 1067 se depositó definitivamente el arca. Es el monasterio de Yuso, que fue abandonado por causas que se desconocen, construyéndose el actual en 1544. Informa también de que, bajo la jurisdicción de San Millán de la Cogolla, estaban las aldeas de Estollo, San Andrés, El Río y San Millán de Suso; pertenecía a la provincia de Logroño y a la diócesis de Calahorra. Tenía 150 casas y dos ermitas, una de ellas, la de Santa Potamia (que aún existe), está consagrada a la discípula de San Millán.

En el momento de trasladarse el arca al monasterio de Yuso existía el barrio de Santurde y, después, con motivo del traslado creció otro barrio denominado Barrionuevo. De esta manera quedó configurado el San Millán que describe Madoz.

El monasterio de Yuso, antiguo e importante centro cultural, conserva una valiosa colección de códices, entre ellos el nº 60, que contiene las Glosas Emilianenses.