El topónimo, documentado desde fecha temprana, es uno más de los muchos hagiotopónimos (esto es, de nombres de santos convertidos en topónimos) de Burgos. Se trata, en efecto, de San Círico o Ciriaco.  Fue, en efecto, un santo de Asia Menor, invocado a menudo juntamente con su madre Santa Julita de Tarso. Su nombre figura en la lista de reliquias del Altar de La  Morera (InscripcionesVives, 328), de época ligeramente posvisigoda. El santo tiene abundante representación en la toponimia hispánica. La forma Quirce no procede del nominativo, sino del genitivo QUIRĬCI. Hay que sobreentender, como en muchos otros casos, la palabra "iglesia", "monasterio" o similar. El segundo elemento del compuesto, que sirve, por lo demás, desde época remota para distinguir este San Quirce de otros, hace referencia a su situación junto al río. La grafía oficial actual, como sucede en muchas otras localidades de la zona, es esa, Riopisuerga. No es caprichosa, pues parece mostrar una suerte de lexicalización y fusión de ambos elementos muy estrecha, como también podemos encontrar en muchos otros compuestos de la palabra "río" y el nombre propio estrictamente hablando.