Calahorra ha sido explicado de muchas maneras. Es la evolución de Calagurris,  la forma “oficial” latina, que se explica bien con la epigráfica Calagorri y con la numismática kalakorricos, escrita en caracteres ibéricos, formación de tipo ibérico con dos lexemas bisilábicos: cala + korri, ambos preindoeuropeos (el segundo claramente identificable y explicable por la lengua vasca): significaría “abrigo o roca + rojo” (esto conviene a la configuración topográfica de la ciudad: un cerro (roca) arcilloso (rojo), protegido por el desnivel del río (abrigo, refugio): RamírezTopVasc, 137-38, que resume las explicaciones más recientes y asume la de Velaza 1998, 9-18. El nombre ibérico añade al lexema el morfema -kos, étnico-nominativo de filiación celtibérica: el latino añade la -s de nominativo. 

Para su explicación y filiación etimológica hay que partir de la forma ibérica y contrastarla con la latina. Cualquier otro método será incorrecto. Ejemplos claros son las propuestas basadas exclusivamente en fuentes literarias. Ya en el siglo XVIII Mateo de Anguiano (1701, Cap. III, 43-44) recogía tradiciones sobre un origen arábigo que significaría "villa o castillo libre". Alarcos (1950, 476), resumió las interpretaciones del primer elemento *cala, que habían hecho Vendries, Dauzat ("fortaleza) y Gavel (gara gorri 'altura roja), pero mantiene sus dudas y se pregunta, ¿será acaso "pueblo de las alturas"?. Menéndez Pidal (PidalTopPrerr,17), analizó las propuestas de Simonet y Schuchardt ("castillo rojo") y de Jullian ("agua roja"), pero no ve claro que el segundo elemento sea 'gorri, sino, probablemente 'uri ("pueblo), explicación que dieron Moret y Risco. Le sigue García Alonso (PIPtolomeo 393) y quizá también Galmés 2000, 144, que no cita su fuente.

Otros proponen etimologías distintas sin fundamentarlas científicamente.  Catalán Carbonell, F. et alii, 1970, explican que Calagurris está compuesta por tres palabras: *call  'elevación, *gur 'ribera, *is ' río, significando "ciudad situada en una elevación junto a un río con sus correspondientes riberas", explicación, añaden, "que cuadra perfectamente a nuestra ciudad". ¿De dónde toman esos étimos?. No lo explican. La misma incertidumbre nos deja Villar_2005, 449-450, que cree ver un primer elemento cal (que significa "barro", pero no encuentra explicación para -akorri). Antes (Villar_2000, 195, 208,y 315-16) había tratado el topónimo recogiendo las teorías de Von Humboldt ("cáñamo o junco rojo"), Menéndez Pidal (ya comentada), pero proponiendo finalmente (pgs. 315-16)un primer elemento *cal que significa 'barro. Para Martino 2015, 341-42, es un calco de Guadiana, puesto que se compondría de cal + ur, hidrónimos prerromanos, pero no encuentra fácil explicación para el intermedio "gu" de gurri; propone "quizá el componente latino aqua, aunque muy tempranamente sonorizada la -q-". Evidentemente ni se produjo tal sonorización ni intercalarían los romanos un apelativo suyo (aqua) en un topónimo claramente prerromano (calakorri/calagurri). Para Aznar Martínez (online s.v.) Calagurris significa "cabezo pelado", de +kale/kala 'cabeza, cráneo y gorri 'rojo, justificándolo porque en toponimia gorri tiene el sentido de 'pelado o 'áspero. Ignoro  de dónde ha sacado que *kale significa 'cabeza, además de la innecesaria explicación metafórica de gorri.. 

Tampoco tiene relación con el topónimo árabe Qalahúrra, que significa ,“baluarte defensivo de gran importancia”, y que se castellanizó eliminando la tilde árabe. Hisn Qalahurra la denominan  Al Udri (1002-1085), Al Kardabus  (segunda mitad del siglo XII) e Ibn Idari (s. XIII y XIV): cf. Sáenz de Haro 2007, 117-118. Se acuña en la Península Ibérica en la Edad Media, produciendo varias Calahorras hoy existentes (Calahorra de Boedo (Palencia), La Calahorra (Granada), sin relación etimológica, por tanto, con la Calahorra riojana.

Rodríguez de Lama ya hizo una síntesis bastante completa (CDMRioja I, 250-252). Parte, acertadamente, de la forma calacoricos y a las teorías de Simonet, Schuchardt, Jullian y Menéndez Pidal, añade la propuesta de Carnoy: cala deriva del céltico *kallio 'roca, por lo que Calagurris significaría "monte rojo". Pero observemos que de *kallio no derivaría cala.

En suma. Se trata de un topónimo prelatino (sin posible relación con el árabe), que, como razonó Velaza (cf. supra)tiene la típica formación ibérica compuesta de dos lexemas, cala+gorri/korri, que se acuña en áreas ibéricas o vascoaquitanas y sin posible explicación ni paralelos en el mundo indoeuropeo. No encuentra fácil correspondencia céltica para cala y remite a la etimología que propuso Dauzat; cala, 'abrigo o 'abrigo en pendiente, palabra perteneciente a una lengua indoeuropea, que los italo-celtas habrían tomado de una lengua preexistente. Considera gorri como elemento paleohispánico, sin precisar si es ibérico o vasco-aquitano.

Por eso remitimos a nuestra explicación (RamírezTopVasc, 137-38). Latinizado el topónimo con la forma de Calagurris, el segundo elemento fluctuó, según se constata en las inscripciones latinas . En el Bajo Imperio  tomó la forma de Calagorra/Calagurra, según se constata en el Itinerario de Antonino y en la carta del obispo Silvano (cf. infra, documentación histórica); de ahí devino la actual Calahorra, por lenición de la gutural sonora intervocálica, que ha dejado como testimonio la /h/. Hay textos en que se escribe Calaforra,  quizá una hipercorrección por analogía con otras palabras que al perder la /f/ dejaron /h/ (caso de Haro). Calaforra es una forma totalmente ajena a los textos clásicos. El cambio de Calagurris, nombre de la tercera declinación latina, a Calagurra, no parece tener explicación fonética. Es un fenómeno generalizado en los topónimos hispano-romanos pertenecientes a dicha declinación: cf. Pompelonem > Pamplona, Iliberrim > Elvira. Probablemente sea un efecto de la concordancia con el apelativo civitas, femenino en latín.