No seu DOELP (s. v. Aliste e Este), José Pedro Machado apresenta várias hipóteses, desde a germânica (de Joseph-Maria Piel)  à pré-latina. Questiona-se em especial quanto à possibilidade de o nome ter interferência árabe, dado que a forma alto-medieval é Aliste, o que leva a supor a prefixação do artigo daquela língua a uma forma pré-romana Iste ou Ister. AlmeidaDicTopnPort critica esta proposta, mas nada adianta quanto à origem de Aliste.

Tendo em conta que existe um rio Aliste na província de Zamora, e aceitando que Este procede da mesma forma, muito provavelmente por queda do -l- intervocálico, é de supor que o potamónimo seja enquadrável num estrato pré-latino.  BascuasHidron_2002 (p. 267) coloca-o (com o seu provável cognato Aliste, em Zamora) entre os representantes da toponímia formada pela raiz *el- fluir (cf. Un_Krahe, p. 35) e o sufixo -st, que ocorre também nos superlativos gregos e germânicos.

Tratar-se-á, portanto de um nome pré-latino, provavelmente indo-europeu, de caráter descritivo, talvez salientando de forma superlativa talvez a rapidez das suas águas.