Galmés  (Galmés_2000, 48) opina que proviene de *ar, raíz precéltica, origen de muchos ríos europeos e hispánicos, pero no explica el segundo elemento -nedo.

Souto Lasala (Souto, 280) recoge las dos posibilidades más verosímiles: la que propuso Oliver Asín y la de Dubler, explicación que ya había propuesto antes Alarcos:

Oliver Asín (Oliver-1962, 230-31) explica Arnedo a partir del árabe arnit y significa "columbarios". Arnit tiene la típica estructura o fonética árabe de arna +it (de -etum) o es la pronunciación árabe de *arnetum. El topónimo se basaría en arna, nombre ibérico de "quercus" , que metafóricamente significó "madera" o "corteza de encina o alcornoque", y después nombre de técnica o cosa hecha de corcho, "colmena".

Alarcos (ApunTopRioja, 479) piensa que deriva de arenetu = "arenal" (lo que propuso Dubler). Lo corroboran Nieto Ballester (DicTopEsp, 66) y González Bachiller (TopHispRioja, aunque éste matiza que el abundancial -etum no funciona con este tipo de sustantivos (no lo recogen ni Forcellini ni Du Cange), por lo que piensa en una probable formación en romance primitivo.

Para su explicación partamos de las formas documentadas:

El moro Rasis (CRasis) transmite varias formas: En Ca, la forma ARRUYT, en Mo, ARNY/ARNID y en Es, ARNIT, y Souto Lasala registra todas las variantes documentadas (Souto 280), a las que hay añadir ARNITU, que recoge Steiger (ContribHisp-Árabe, pg. 155) remitiendo a Yaqut (I, 244).

Los textos romances transmiten ARENETO, ARNETO y ARNEDO.

Las fluctuaciones del topónimo en las fuentes árabes parecen indicio de un nombre extraño a dicha lengua, lo que confirma el moro Rasis (CRasis, ms. Ca, 23(7), pg. 53) cuando dice "Tudela ha muchas villas e muchos castillos e muy fuertes de los quales es el vno Arruyt. E quando Espana de moros era, era Arruyt su escudo contra los cristianos. Arruyt es muy antygua villa". Esa "antigüedad" sería prueba de que "sus primitivos pobladores" le habían dado un nombre que los árabes adaptaron a su fonética.

Oliver Asín reconoce en arnit la típica estructura o fonética árabe de arna + it (de -etum), o la pronunciación árabe de *arnetum. Cierto que Hubschmid (ELH. I, 62-63) recoge testimonios de arna, término preindoeuropeo, que en español, aragonés y catalán significa "vaso de colmena", pero no es fácil explicar un abundancial -etum para expresar "conjunto de vasos de colmena". Más probable sería entender *arnetum como" encinar". Sin embargo Madoz (DicMadoz) no menciona "colmenas" en Arnedo ni nada relacionado con la miel, cosa que hace en pueblos como Arna (Asturias) o Arnes (Tarragona), ni en la micropotonimia de Arnedo hay ningún Colmenar, ni tampoco Encinar o Robledo (García Fernández). Se podría pensar en un topónimo muy antiguo, *Arnetum con el significado de Encinar, que con el tiempo desapareció, dejando testimonio de su existencia en la toponimia.

Por tanto, viendo las formas romances parece correcta la evolución desde *arenetu(m), con pérdida de la pretónica y la -m- final > arnetu, y posterior lenición de la sorda y apertura de la -u- final >  Arnedo. Tendría su explicación topográfica, porque la ciudad se asienta sobre una terraza del río Cidacos, arenosa y arcillosa. Pero hay que retomar la observación de González Bachiller, porque arenetum no existe tampoco en el TLL, donde sí se recoge Arenata (locus in Latio), o Arenacum que en la Tab. Peut. se escribe Arenatio y en el It. Ant. Harenatio, frente al frecuente y normal (h)arenosus. Para explicar el cambio de arenatum > arenetum se podría pensar en una metátesis por influjo de la -e- precedente. También puede ser una formación basada en arena con el abundancial -etum, existente en sustantivos de contenido semántico similar como Pedredo en Cantabria (DETMCantabria) o Somiedo en Asturias (GarcíaArias_PueblosAst). La pérdida de la -e pretónica se produce también en Cantabria: cf. Arnia y Arnuero (DETMCant).