Menéndez Pidal (1918: 238) ve ara 'llano' en Araya, Araquil y Aramendia, lo mismo que en Araoz. Albertos (1970: 128-129; 2004: 269) considera que Araya está relacionado con «Araius, nombre indígena típico de la región, documentado en Contrasta e Ilárduya, con un derivado Araica (Contrasta, Álava y Larraona, Navarra), que pervive también en topónimos y apellidos alaveses como Araico, así como en Araiz en Navarra». Caro Baroja (1980: 244) es de la misma opinión (vid. 1945: 143).

Jordán (2001: 424) piensa que Araya, y también Araquil y Runa (denominación esta última, en su opinión, del río Arga que pasa por Pamplona, que luego daría lugar al nombre de la capital navarra), serían derivados de reu̯- / ru- 'fluir' tema que remontaría a la raíz *er-/or-/r-. García Arias (2005: 189) al estudiar el Arangu asturiano, dice que puede estar relacionado con el vascuence arán 'valle' y también con Araya de Lluna (León).

El hecho de que la aspiración aparezca hasta tres veces en el topónimo Harhahia de la Reja (1025) habla, como señala Mitxelena (1964: 29) al respecto, en contra de considerarlo como un topónimo de origen antroponímico en -ana, pero parece que deberíamos reconsiderar la cuestión (cfr. los testimonios con h de Agurain, Andoin, Munain, Urabain... en la Reja).

Podría estar en relación con el antropónimo Araius que se supone tenemos en la inscripción de Kontrasta ARAICA ARAI F(ilia) (Elorza, 1967: 136; este autor relaciona el nombre de la inscripción con los topónimos Araia, Araiko). Está documentado también Araus (Castro Urdiales, Cantabria, HE; compárese el par Araus / Araius con Albus / Albius, Maternus / Maternius, Paternus / Paternius, etc.), que podría estar igualmente en la base de la mencionada inscripción de Kontrasta.

Si partiéramos de *(villa) araiana 'la propiedad de Araius', tendríamos en un primer momento *Araiãɦ̃ã; la aspiración medial (la que durante más largo tiempo se conserva; según la documentación hasta 1386 al menos) de Harhahia de 1025 podría deberse al acento, como ocurre a veces en hablas donde la aspiración está todavía viva (véase Salaberri y Salaberri, 2016: 373 y ss.), y la final procedería de la nasal lenis del sufijo (se habría adelantado, corrido hacia la izquierda, pero no se termina de ver por qué), que se aspira primero y se pierde después, pero no podemos explicar la inicial, si no partimos de un antropónimo que la contenga: la solución podría ser proponer como étimo *Haraius, tal vez variante del documentado Araius, pero también podemos pensar que la primera h surgió debido a las otras dos aspiraciones del topónimo.

En La Rioja se documenta en 1104 Munio Lopez de Arhaihuri (García Andreva, 2010: 830), con base probablemente antroponímica Arhai-, en apariencia relacionada con el topónimo que estamos analizando. Compárese con villa Nunno falzahuri de 1078 de la cuenca del Tirón (La Rioja), basado según Mitxelena (1976: 55) en el antropónimo Nunnu Balza 'Nuño el negro, el moreno'. El lingüista guipuzcoano (ibid., p. 62) menciona entre otros los siguientes topónimos mayores de las cercanías del Tirón y del Oja: Blascuri o Bascuri, Gipuzauri, Hatumanhuri, Herramelluri, Izahuri (lo identifica con Villahizán), Maruri (de ma(u)ru 'moro' + -(h)uri según el autor), Mutilluri, Nafarruri, Ogganduri, Semenohuri, Vermuduhuri, etc., todos ellos con base antroponímica. También en Araba / Álava es conocido este tipo de formación: Aberasturi, Ellakuri (caserío de Laudio / Llodio), Erremelluri (granja y labrantío), Giputzuri (despoblado y ermita de Uribarri Jauregi), Imiruri (Treviño), Marauri (Treviño; hay Maruri en B), Mutilluri (despoblado de Labastida), Nunuri (despoblado de Treviño), Obekuri (Treviño), Okerruri (despoblado cercano a Sabando), Urturi (Bernedo), etc., que hacen juego con los que tienen villa: Berantevilla, Elheni villa (despoblado), Lacervilla, Nuvilla y otros (véase Salaberri, 2014).

Por lo tanto, parece que lo más adecuado es pensar que en la base de Araia tenemos el antropónimo Araius, a pesar de que hay dificultades para explicar las tres hs del testimonio de 1025, único con tres aspiraciones. Respecto a este testimonio, parece que en el caso de Araia, al contrario de lo que ocurre con Arratzua (Harhazua en 1025) y Barrón (Barfone en 978, Barhoa en 1025), la rh de la Reja no indicaba una vibrante múltiple o fortis, sino una lenis, y lo mismo el resto de testimonios del topónimo que encontramos con dicho grupo rh hasta el siglo XIV, este incluido. Habrá que pensar que durante varios siglos se pronunciaba Arhaia, pero que la vibrante anterior a la aspiración era lenis, como durante las últimas centurias y en la actualidad, al contrario de lo que ocurría con Arratzua y Barrón.