De acuerdo con GarcíaSánchez_Toledo (370), en las Relaciones Topográficas se aclara que Villarrubia “se llama deste nombre porque mucha parte del pueblo y tierra que confina con ella es colorada” (RelacToledo III: 751). Ciertamente no son pocas las zonas del término en las que todavía hoy la tierra manifiesta un color claramente rojizo, por lo que este aspecto tan llamativo del paisaje pudo muy bien ser el detonante del topónimo. El terreno predominantemente arcilloso lo habría favorecido. También se cuenta en las Relaciones que “su fundacion se sabe por la Chronica de la orden de Santiago que fue en el año de mil y docientos y siete años que le poblo el maestre de Santiago don Hernan Gonzalez de Marañon –octavo maestre de Santiago– y le dio fueros conforme a los que tenia la villa de Ocaña” (RelacToledo III: 751). Efectivamente, tal como se comprueba en la documentación, la puebla tuvo lugar entonces. El apellido del pueblo, alusivo a la Orden, se explica perfectamente aquí, aunque antes, como se ve, el topónimo portó el complemento de Ocaña.

Rubia es una forma apenas evolucionada respecto del étimo, que solo muestra el lógico cierre de la Ĕ en hiato. Ha prevalecido en la lengua moderna frente a otras variantes como royo, con resultado palatal propio de la evolución romance de B + yod. El valor de rubia en el topónimo estaría asimismo cercano al del étimo latino y equivaldría, por tanto, como ha quedado ya expuesto, a ‘rojiza’.

El complemento de Santiago es una expresión elíptica del sintagma preposicional de la Orden de Santiago. La elipsis es común en toponimia cuando se trata de nombres largos como este, y parece ser norma en los topónimos originados por esta orden y que llevan su nombre, si bien a veces el elemento elidido de ese sintagma puede ser el que aquí se conserva (cf. Quintanar de la Orden). La incorporación del complemento tuvo lugar, en cualquier caso, en fecha tardía y la elipsis venía ya de inicio.